Zápas Čechů s Habsburky o náboženskou toleranci.
Zápas Čechů s Habsburky o náboženskou toleranci.
Teprve po dlouhých bojích a jednáních dosáhli husitští Čechové na církevním
koncilu v Basileji r. 1436 narovnání s církví římskou t. zv. kompaktáty,
jimiž byli po všech předchozích klatbách uznáni konečně znova za syny
obecné církve. Kompaktáty sice získali povolení jen některých zvláštností
bohoslužebných, tak podávání z kalicha anebo užívání národního jazyka při
bohoslužbě, než Čechové se s tím v podstatě konečně spokojili, ježto nikdy
nebylo jejich úmyslem trhati snad trvale spojení národa s církví obecnou.
Koncil basilejský však, který se vyvýšil ve smyslu starých konciliárních
myšlenek nad papežství a prohlásil církevní koncily za nejvyšší instanci ve věcech víry, nebyl
později uznáván za pravoplatný, když papežství znova zdolalo naznačené tendence a proto ani jeho
ustanovení nebyla papežstvím přijímána bez výhrad. Tak ani kompaktáta nedošla papežského
schválení a r. 1462 za krále Jiřího z Poděbrad prohlásil je papež Pius II. i úředně za neplatná, čímž se
stará roztržka mezi Čechy a Římem objevila znova.
Čechové, vážíce si svého narovnání s koncilem, nedbali výroku Pia II., trvali dále na platnosti kompaktát a když přijímali po smrti krále Jiřího za svého panovníka Vladislava Polského, zavázali ho hned při nastoupení slibem, že bude kompaktáta uznávati za zemský zákon a také je jako taková zachovávati. Po jeho smrti zavázali podobně i jeho syna Ludvíka ar. 1526 i Ferdinanda Habsburského, když si ho zvolili za svého krále. Také obě strany náboženské v Čechách se shodly mezi sebou r. 1485 smlouvou v Kutné Hoře k zachovávání kompaktát s počátku na dobu 31 let, a když r. 1512 smlouvu obnovovali, již na věčné časy. Tak se Čechové ani po nové roztržce s Římem nepřestali pokládati za údy církve obecné a šli v tom dokonce tak daleko, že i své panovníky přímo zavazovali slibem, že se budou v Římě přičiňovati o nové uznání basilejského narovnání.
Vystoupení Lutherovo v Německu přineslo však i do církve husitské nové myšlenkové proudy. Lutherova smělost, s níž zavrhl všechno spojení s Římem, dodávala i Čechům odvahy, aby nelpěli tolik na svém dosavadním stanovisku, aby se nebáli rozchodu s církví a vybudovali si rovněž svobodnou církev národní, tak jako němečtí luteráni, a to nejen vzhledem k tomu, že Řím stále odsunoval smír s nimi, ale i proto, že kompaktáta povolovala české církvi vskutku jen velmi málo. Husité se sice doma domohli jakési církevní samosprávy, již od sklonku XV. století representovala husitská pražská konsistoř, která spravovala husitské kněžstvo a husitské fary zcela samostatně a nezávisle na konsistori katolické (v jejím čele stál na místě biskupově jeden neb dva administrátoři, kteří se samou konsistoří, skládající se z 12 mistrů a kněží, řídili všechny naznačené záležitosti), než svého biskupa, který by světil řádné kněze, nedosáhli čeští husité nikdy. Poněvadž však i oni trvali na zásadě, že také jejich kněží mají býti svěceni od řádně ustanovených biskupů, byli nuceni po své nové roztržce s Římem toto svěcení kněží získávati rozličným způsobem, často nedůstojně, za úplatky nebo pod falší, zejména u chudých biskupů italských, což nemohlo zůstati bez nepříznivého odlesku na život husitské církve i po stránce mravní. Není proto divu, že radikálnější elementy mezi husity si oblibovaly brzy rozhodnost Lutherovu, která byla u nich zesilována ostatně i vzmáhající se Jednotou bratrskou, odnoží to českého husitství, vzniklou v druhé polovici XV. století. Jednota bratrská, která vyšla z okruhu zemanského myslitele Petra Chelčického a na kterou působily zřejmé vlivy radikální strany husitské, t. zv. táborství, a též vlivy zahraničního valdenství, jež našlo v Čechách za husitských bouří své útočiště, se odhodlala k plnému rozchodu s Římem vlastně hned ve svých počátcích (r. 1457) a při něm také setrvala.
Ostatně i Luther sám dovedl si hned ve svých počátcích získati české sympatie. Ve své proslulé lipské disputaci se svými katolickými protivníky (r. 1519) prohlašoval veřejně, když ho protivníci obviňovali z obnovy českého kacířství, že učení Husovo bylo skutečně zcela „evangelické“ a v dalším svém působení, když se byl prostřednictvím Čechů ještě blíže seznámil s husitstvím, prohlásil je znova za zcela správné a žádal, aby Němci konečně již přestali Čechy kaceřovati a raději se s nimi v náboženství spojili. R. 1522 v tom smyslu do Čech i psal a vzbudil tam ještě za života krále Ludvíka velké hnutí, zejména v Praze. Utrakvistická reakce r. 1524 sice utlumila nový český radikalismus, než vliv Lutherův na českou církev utrakvistickou zůstal trvalý a vyvolával v českých zemích nový náboženský kvas, který šel již přímo za neomezenou náboženskou svobodou pro každého. Na Moravě předložili novému králi Ferdinandovi tento požadavek hned při jeho přijímání za pána r. 1526, žádajíce ho za takovou svobodu, podle níž by „jeden každý mohl Pánu Bohu svobodně a pokojně sloužiti podle toho, což by za dobré podle Zákona a naučení Páně poznal“, tedy beze všeho obmezení a jen podle Písma svátého. Sice i oni k tomu ještě přidávali požadavek, stejně jako to činili tou dobou ještě i němečtí luteráni, aby král podporoval obecné úsilí o svolání křesťanského koncilu, ten pak aby ukázal, zda skutečně někdo bloudí ve víře anebo nikoliv, a mohl pak takového poučiti a napraviti, ale pod tímto koncilem už se nikterak nemyslil koncil ve smyslu dosavadním a rovněž tak ne napravení autoritou církevní, nýbrž obecné křesťanské shromáždění, tedy i laiků, a napravení Písmem tak, jako kdysi žádal Hus v Kostnici a jak to hlásali i Luther a jeho přátelé, t. j. svobodným výkladem sv. Písma.
Nový český panovník Ferdinand Habsburský, kterého si Čechové r. 1526 zvolili za krále po tragické bitvě u Moháče, v níž padl jejich mladý král Ludvík Polský v boji proti Turkům, protože doufali, že spojením zemí českých a rakouských se vybuduje mocnější přehrada proti hrozící záplavě turecké, vyšel z přísné katolické výchovy ve Španělsku a bylo proto přirozeno, že na požadavky radikalisujících se husitů odpovídal zdrženlivě, tak jako to činil jeho císařský bratr Karel V. v Německu. Ukazoval při tom na kompaktáta, jež byl povinen zachovávat a chránit i podle ústavy a v nichž viděl i jinak možnou oporu pro své snahy. Než v době, kdy se volání po obecném koncilu stalo v západní Evropě obecným heslem a kdy velký rozmach německé reformace přímo volal po opravách v životě církve, uznával ovšem potřebu reformy on i Karel V. Přes to všechno však reforma podle jeho pojetí se mohla pohybovati jen v mezích tehdejší církve a proto se mu v Čechách stala kompaktáta mimoděk vítanou zbraní a závorou proti přílišnému utíkání od Říma. Sliboval tím horlivěji, že se vynasnaží v Římě o jejich nové potvrzení i o povolení kalicha, jen aby Čechy udržoval při církevní jednotě. Nenarážel-li tedy nový kvas v českých zemích na jeho odpor hned v počátcích a nedocházelo-li k žádným větším konfliktům v prvních letech jeho vlády, stalo se to proto, že zůstávala stále naděje na konečné uspořádání církevních zmatků i v Německu za spoluúčasti církve samé. Toto mírné stanovisko však platilo pro Ferdinanda jen v otázce samého husitství nebo jinde v otázce luterství, nikoli však, šlo-li o zřejmé výstřelky reformace, o všechna ona kacířství, jež provázejí každé velké hnutí náboženské a zacházejí na příliš radikální cesty, jako tomu bylo na př. u německého novokřtěnství, které proniklo i do českých zemí a v nich se také značně rozšířilo. Tu vystupoval nový král od počátku nelítostně, pronásledoval je krvavě, jak ukazuje na př. poprava novokřtěnského vůdce Baltazara Hubmaiera r. 1528, který pro pronásledování ve Švýcařích přišel na Moravu a v moravských městech zakládal první osady pro své souvěrce.
Za dlouhého pronásledování své víry Čechové sami vytrpěli dosti úzkostí a strachu pro své přesvědčení, a když nyní viděli, jak znova v Evropě teče proudem krev pro odchylné názory náboženské, zdůrazňovali tím více proti králi své pojetí náboženské svobody pro každého a pro každý náboženský názor, pokud by jen vycházel z Písma sv. a obracel se k jeho pravdám. V historii německé reformace najdeme také zdůrazňování náboženské svobody, a čteme-li na př. o švýcarské reformaci, najdeme v její historii často úplně shodnou motivaci požadavku svobody svědomí slovy, že víra je dar boží, jako u nás. Požadavek svobody a snášenlivosti je obvykle požadavkem všech menšin. Co však přináší tehdejší česká reformace více proti všem okolním náboženským hnutím a čím vlastně Čechové předešli všechny soudobé národy, byl jejich požadavek naprosté náboženské snášenlivosti, požadavek, aby náboženské přesvědčení každého zůstávalo jeho vnitřní záležitostí. Požadovaná svoboda v reformaci švýcarské se vztahovala jen na hnuti Zwingliho anebo Kalvínovo a podobně tak v Německu na hnutí Lutherovo; další odchylky náboženské tato hnutí již nerada viděla a záhy je opouštěla, tak jako se stalo na př. s novokřtěnstvím. Požadavek absolutní náboženské svobody, kterou Čechové hájili proti Ferdinandovi I., vyrůstal v českých zemích snad jen ze staletého vývoje, byl květem utrpení, jež Čechové již sto let prožívali pro své odchylné náboženství. Když se r. 1539 stavové moravští ujímali na zemských sněmích proti králi náboženského myslitele, drobného rytíře Jana Dubčanského, kterého král pro odchylné náboženské názory chtěl zničiti, činili tak, jak dodávali, jen proto, „poněvadž víra není nežli dar boží a žádnému od žádného jiného než od samého Boha dána býti nemůže“. Rozdíly ve víře považovali tedy přímo za boží zasažení, proti němuž lidé nemají reptati a chtíti je snad napravovati. Skoro týchž slov užil v té době vůči králi i přední představitel české šlechty, bohatý Jan z Pernštejna v svém listě, v němž králi psal s otevřeností, proč ztratil u českého národa všechny sympatie: lidé v Čechách prý těžce nesou, že ve věci náboženství postupuje bezohledně a mnohé pro náboženské přesvědčení pronásleduje. „Víra, milostivý králi — dodává — je dar boží a komu není dána od Boha, od lidí mu dána býti nemůže.“
Vskutku se v Čechách také podle toho chovali. Máme o tom mnoho soudobých svědectví, zejména z druhé země české koruny, kde ústřední vláda královská nebyla již tak účinná. Žaloby, že v mnohých městech na Moravě je deset až dvacet věr, byly časté a soudobý boj moravských stavů na sněmích s králem Ferdinandem o novokřtěnce, jež král chtěl na každý způsob zničiti, boj, jenž se táhl takřka 30 let, je zvláště dokladem naznačeného mínění v širokých vrstvách. Novokřtěnci byli cizinci, kteří prchali z Němec před pronásledováním a kteří právě na Moravě ve jménu výše vyložené svobody svědomí docházeli klidného a tichého útulku. Když se vidělo, že nikterak nechtějí rozvraceti soudobé sociální řády, jak jim bylo vytýkáno, ano, že jsou to v podstatě tiší a přičinliví křesťané, vynakládaly moravské sněmy všechno úsilí k tomu, aby je proti králi bránily a také je skutečně ubránily.
Tato nálada v Čechách působila především, že vliv německé reformace tak zradikalisoval starou víru husitskou, že Čechové dvě tři desítiletí po zvolení Ferdinandově za krále českého již skoro vůbec nestáli o spojení s církví obecnou, že se s ní rozešli vnitřně docela tak jako Luther a jeho stoupenci v Německu. Husité se rozpadli na dvě strany: na stranu konservativní, katolické husity, kteří ještě stále usilovali o spojení s Římem, a stranu radikální, evangelické husity ve smyslu luterském, které zveme také novými podobojími, novoutrakvisty, kteří zamítali všechno spojení s kruhy římskými a kteří rychle zatlačovali stranu starověrců do pozadí. Již roku 1543 došlo mezi oběma stranami a tím i s králem ke konfliktu, když si staroutrakvisté, kterým stačil původní stav a kompaktáta, stěžovali u krále, že se radikálové snaží ovládnouti i konsistoř a tak husitskou církev zavésti zcela do vod luterských. Již tenkráte zasáhl král energicky. Opíraje se o kompaktáta, sáhl dokonce i na vůdce radikálů dra Václava Mitmánka, rozhodného a vzdělaného průkopníka nových směrů, který navázal ve Vitemberce s Lutherem i osobní styky. Vrátiv se ze studií v cizině, byl Mitmánek roku 1542 volen do konsistoře, již ve smyslu naznačeného vývoje chtěl převésti do služeb velké většiny. Král dal dra Mitmánka uvězniti a potom dokonce i ze země vypověděti, stavům pak, kteří stáli za ním, pohrozil, zdůrazňuje, že neprávem překročují svoji pravomoc, když chtějí zasahovati přímo do řízení husitské církve a její správy.
Habsburkové šli zřejmě opačnými cestami nežli Čechové. Vidouce německý rozvrat náboženský chtěli zachránit starý utrakvismus a Čechy konečně s ním převésti do církve římské. Skutečné rozdíly mezi oběma církvemi nebyly veliké. Obě strany dělilo tehdy snad jen přijímání dětí a bezpodmínečné přijímání pod obojí způsobou, na němž Čechové trvali. Než Řím ani v této důležité chvíli nebyl ústupnější. Již roku 1533 podnikl král Ferdinand v Římě bez úspěchu kroky o přijetí Čechů do církve a ani roku 1536 nemělo jeho úsilí výsledku. Tak propagandě luterské byla tím více umožňována cesta do Čech. Habsburkové trvali na církevní jednotě i v Německu, a když v letech čtyřicátých bylo jasno, že luterány nedostanou mírnými cestami k jednotě, rozhodli se pro postup násilný, ztotožňujíce se ve svém názoru na německou reformaci čím dál tím více se stanoviskem Říma. Tak tam došlo roku 1547 ke známé válce protestantské Jednoty šmalkaldské s cís. Karlem V. a jeho bratrem Ferdinandem. Čechové přes všechno vyzývání královo se nepostavili po jeho bok proti německým protestantům; neodvážili se však postaviti přímo ani do řad svých německých souvěrců, třeba se zbraně rovněž chopili. Přispěli tím k porážce Němců u Mühlberka a doma i oni krvavě zaplatili své sympatie k Lutherově reformaci. Několik předních spiklenců ze šlechty a měšťanstva bylo v Praze popraveno nebo potrestáno zabavením majetku, obce městské pak ještě nad to byly potrestány ztrátou svých svobod. S novoutrakvisty byla potrestána i Jednota bratrská, která se odboje účastnila ještě horlivěji nežli strana druhá. Na Jednotu nemusil král zvláště bráti ohledů podle zemských zákonů a proto její biskup Jan Augusta, hlavní představitel sbližování Jednoty s německou reformací, byl vzat do vězení a Jednotě nadešlo první vyhnanství. Její příslušníci se uchylovali z velké části na Moravu, která se nezúčastnila boje v Němcích a proto nadále požívala v otázce náboženské klidu, anebo až do sousedního Polska.
Po porážce německých luteránů a po prvních odsouzeních německé reformace církevním koncilem, který zasedal od r. 1545 v městě Tridentě, se zdálo Ferdinandu I., že k řešení dozrála i česká náboženská otázka. Král se rozhodl vykořeniti v českých zemích zcela nejen luterství, ale i jiná kacířství a provésti opětné spojení české církve husitské s Římem mocí. Toto své úsilí spojoval se snahou po obrodě silně zmenšené katolické církve české, jíž poslal do Prahy ku pomoci r. 1556 první jesuity a pro kterou obnovil r. 1561 i pražské arcibiskupství, zaniklé někdy ve válkách husitských. R. 1562 zasáhl přímo i do správy husitské konsistoře, obsadiv ji lidmi sobě oddanými, aby tak ještě lépe připravil její splynutí s církví katolickou. Hájil rozhodně svůj postup proti šlechtě, snažící se dokazovati, že ona má právo obsazovati konsistoř, a v Římě a na koncilu vymohl v téže době konečně povolení kalicha pro laiky při bohoslužbě. Podobnými cestami se snažil shlížiti s církví římskou husity i na Moravě. Poněvadž husitská církev tam tvořila od počátku s církví českou jednu náboženskou společnost a pražská konsistoř husitská pečovala stejně o Čechy jako o Moravu, hleděl uvolňující se Moravu znova připoutati k pražské konsistoři, aby potom obě české země plánovitě převedl do okruhu církve katolické; v posledních letech svého života pak moravskou církev husitskou ještě přímo podřídil dohledu katolického biskupa olomouckého.
Takové byly plány královy v posledních letech jeho života (zemřel r. 1564). Není pochyby, že by je byl mohl provésti jen násilím, protože jim situace v českých zemích již nijak neodpovídala. Od r. 1526, kdy Ferdinand přicházel do Čech, uplynulo příliš mnoho let, za nichž se Čechové vlivem německé reformace odchýlili tak daleko od původní víry husitské, že na jejich spojení s Římem nebylo už ani pomyšlení. A nejen že české obyvatelstvo se daleko odklonilo od katolictví; náboženský radikalismus zachvátil v Čechách a na Moravě také veškero obyvatelstvo německé. To stálo do té chvíle věrně v řadách katolických, ale na sklonku vlády Ferdinandovy bylo již pevně v táboře protestantském. Německá reformace získala je zcela a všecko bylo proto přirozené, že v konfliktu s králem toto obyvatelstvo by jen bylo posílilo české řady. Bylo proto štěstím pro české království, že Ferdinand r. 1564 zemřel a že na jeho místo nastoupil jeho syn Maxmilián, který byl v náboženské otázce podstatně jiných názorů nežli otec.
Císař Maxmilián II. (1564 — 76) byl v mladých letech sám horlivým přívržencem luterské reformace a v padesátých letech XVI. století se každou chvíli čekal jeho veřejný přestup ke konfesi augšpurské. Jeho otec však a také jeho okolí a příbuzenstvo působili naléhavě na nového dědice trůnu, aby ho odvrátili od toho dalekosáhlého kroku. Ještě před smrtí cís. Ferdinand donutil přímo svého syna k tomu, aby zůstal v církvi katolické, a teprve po zcela jasném jeho prohlášení před členy rodiny a před státní radou, že zůstane katolickému náboženství věrný, svolil, aby se stal jeho nástupcem. Byly to tedy spíše vnější důvody, pro které Maxmilián chystaný přestup k luterství neprovedl; uvnitř a tajně zůstával stoupencem nových nauk dále. To přirozeně působilo do značné míry na jeho církevní politiku. Ohledy dynastické a zření k Římu měly sice po celý jeho život na ni vliv, ale přesto nikde nepronásledoval přívrženců luterské reformace, ano v počátcích své vlády, zejména v letech 1569 a 1571 povolil v zemích rakouských luteránům dosti rozsáhlou svobodu. Se strany katolické a se strany Říma bylo na něho pro tyto jeho náboženské koncese rakouské zle útočeno, ale to způsobilo jen tolik, že si císař vedl nadále ve výslovném povolování náboženských svobod opatrněji, nebráně však ani potom nijak šíření německé reformace.
Čeští stavové evangeličtí, znajíce vnitřní náboženské přesvědčení královo a vidouce jeho ústupnost v Rakousích, obrátili se také na pražském sněmu r. 1571 k němu se žádostí o svobodu víry podle augšpurské konfese, a když císař váhal, pokusili se o to r. 1575 v Praze znova. Poněvadž okolí císařovo i císař sám vytýkali Čechům značnou neujasněnost a roztříštěnost v náboženských názorech, spojila se k jednání aspoň obě hlavní česká nekatolická vyznání, novoutrakvisté a Jednota, a vypracovala si společnou konfesi, kterou známe pod jménem Česká konfese, a tu učinila podkladem jednání. Stálo to sice mnoho práce, nežli obě strany došly k tomuto sjednocení; zejména Jednota bratrská, která byla přesvědčena o tom, že svými mravními řády stojí mnohem výše nežli strana druhá, dlouho váhala zříci se svobodného a samostatného postavení. Od r. 1547, kdy byla těžce postižena nezdarem protestantů v Německu, se její vnitřní vývoj také odkloňoval od luterství a tím se poněkud vzdaloval i od českého novoutrakvismu. Když její biskup Jan Augusta byl, jak již bylo řečeno, uvězněn, padla její dosavadní luterská orientace, kterou on nejvíce podporoval, a za jeho nástupců a zejména za učeného biskupa Jana Blahoslava se přikláněla spíše k reformaci švýcarské, zvláště když luterský svět německý počaly zmítati prudké boje dogmatické. Než poznání, že jen ve společném úsilí mohou Čechové dojíti úspěchu, překonalo rozpaky i bratrských theologů stejně jako vzpomínky na nezdařený pokus Jednoty hned v počátcích vlády Maxmiliánovy, dosíci od něho stvrzení své konfese. Nová česká konfese byla tak vypracována, aby hověla oběma stranám, vyhýbala se jemným věroučným distinkcím a tím nebyla nepodobná Melanchtonovu přepracování augšpurské konfese z r. 1540, v níž se měly rovněž sejíti k společnému dalšímu postupu protestantské strany německé, které vycházely z Luthera i z Zwingliho anebo Kalvína. Poměr novoutrakvistů, z nichž v podstatě vycházela Česká konfese, k německé reformaci vysvítá jasně z toho, že za základ nové konfese posloužila takořka výhradně konfese augšpurská, upravená jen v některých částech více se zřetelem ke konfesi Jednoty a starší tradici husitské. Působilo na to nemalou měrou zajisté i vědomí, že si císař osobně od mládí oblíbil vyznání Lutherovo a že vůči kalvinismu stál na stanovisku odmítavém, a stejně i to, že augšpurská konfese stála v Německu pod ochranou říšských zákonů. Skutečnost, že augšpurská konfese byla v Čechách znova a znova vydávána tiskem až do pádu české náboženské svobody roku 1620, ukazuje ostatně, že u největší části českého lidu se vycházelo z tohoto zdroje víry.
Čeští stavové měli r. 1575 na mysli již plné a základní uspořádání náboženské otázky. S novou konfesí, v níž se seskupovala největší část národa a v níž bylo místo i pro další odstíny reformace, předložili císaři také návrh na organisaci nové církve, podle něhož stará husitská konsistoř měla přejíti zcela do rukou tvůrců konfese a administrátorové konsistoře měli býti dosazováni od nich. Reorganisovaná konsistoř, v níž Jednota bratrská měla mítí užší samosprávu, měla ustanovovati duchovní správce bez dosavadního biskupského svěcení, t. j. nová česká církev měla býti zbavena i této poslední závislosti na církvi katolické, s níž měly býti zpřetrhány všechny svazky a pouta. Podrobné sledování sněmovního jednání z r. 1575 ukazuje, že Čechové připravili těžké chvíle svému panovníkovi, na něhož působila vším vlivem k neústupnosti nejen katolická menšina česká, ale i papežský nuncius, sídlící při císařském dvoře, dále také zástupce katolické vlády španělské a konečně i stará církev husitská, která se bála ztráty své konsistoře a tím odsouzení k úplné bezvýznamnosti. Jednání sněmovní se táhla po měsíce, až řečený nátlak strany katolické a ohledy rodinné (Maxmilián měl 4 syny, o jejichž zaopatření mu šlo), které ho činily rovněž závislým na dobré vůli katolického světa a Říma, způsobily, že král odepřel žádosti Čechů zákonnou sankci. Dal jim pouze ústní slib, že jim nebude činiti žádné překážky v jejich náboženství a že ani nedovolí, aby jim byly překážky činěny odjinud, na př. od pražského arcibiskupa. Tento slib pak jim dal současně i císařův syn Rudolf II., který na témž sněmu byl korunován za českého krále.
Tak se rozešel ten důležitý pražský sněm na zevnějšek sice pro české nekatolíky neúspěšně, ve skutečnosti však měl pro náboženský vývoj český význam velmi podstatný. Maxmilián nečinil české šlechtě žádných nesnází ve věcech víry ani do r. 1575, tím méně pak po tomto roce. Svůj slib, daný sněmu, ovšem omezoval jen na šlechtu a její poddané, tak jako kdysi postupoval ve svých koncesích v Rakousích, a nezahrnul v něj královská města, která byla také zemským stavem a to proto, že byla jeho vlastním majetkem. Ještě téhož roku 1575 obnovila jeho vláda dokonce starý zapomenutý mandát proti Bratřím, ale poněvadž se bratrská šlechta mohla právem odvolávati na předchozí císařský slib, který se přece vztahoval i na ni, bylo možno v obnoveném mandátě viděti spíše demonstraci, která přihlížela více k straně katolické; měla v jejích očích zakrýti slib daný nekatolíkům na sněmu. Ani to, že král do slibu nezahrnoval svá města, nemělo velké váhy; od počátku se v Čechách novoutrakvisté kryli vůči vládě za staroutrakvisty, kteří měli zákonité povolení k své víře a Maxmilián sám byl poslední z těch, kteří by zkoumali rozdíly věroučné.
Císař Maxmilián zemřel již následujícího roku 1576, ale i jeho nástupce Rudolf II. (1574 — 1612) byl vázán slibem z r. 1575, a tak v českých zemích ve věci náboženství byl dlouho klid i za jeho vlády. Byla to rozhodující doba pro český náboženský vývoj. V ní se provedl přechod od husitství k nové víře, nové poměry se ustálily beze zmatků, bez bouří a bez pronásledování. Tento přechod od staré víry husitské k nové reformaci a klidné ustálení nových poměrů lze zvláště pěkně sledovati v druhé zemi české, na Moravě, kde šlechta, hlásící se k reformaci, si sama vybudovala po rozpadu organisace husitské církve novou církevní správu, jíž za podklad posloužila zcela augšpurská konfese. Nová správa byla organisována podle čtyř krajů zemských pod krajskými děkany nebo superintendenty, jimž stály po boku krajské konsistoře, těšící se značné samosprávě a nezávislosti na šlechtickém živlu, pravý to opak poměrů vládnoucích v Německu, kde knížecí moc pohlcovala všecko i v náboženském životě. Tato nová církevní samospráva se tu ustálila na samém sklonku XVI. století, zatím co zbytky staroutrakvistů upadaly čím dál tím více v závislost katolických biskupů olomouckých. V Čechách, třebas Česká konfese nebyla císařem uznána, stala se nicméně krystalisačním bodem, o který se opíral všechen následující vývoj; v něm můžeme znova zdůrazniti již výše zmíněný demokratický rys. V německé reformaci selhávaly, jak bylo řečeno, všechny pokusy o sjednocení reformace švýcarské a německé aspoň navenek, zvláště od té doby, kdy kalvinismus pevně zakotvil i v Německu a potáhl za sebou značnou část národa. Docházelo spíše ještě k většímu odcizení a nenávisti obou stran, která se pak tak tragicky uplatnila zejména ve chvíli, kdy se Čechové v počátcích války třicetileté chopili boje za svoji svobodu proti Habsburkům. Svéráz českých poměrů se projevoval právě v tom, že se kolem České konfese seskupila řada věroučných odstínů při naprosté svobodě a snášenlivosti všech, a to od přísného luterství saského, které proniklo v Čechách zejména do krajů s obyvatelstvem německým, až po nejradikálnější směry levé, k nimž se klonily zejména některé kruhy české. Vedle novoutrakvistů, kteří si luterství prodchli starými domácími tradicemi, a vedle Jednoty bratrské žili tu i přívrženci melanchtonství (na Moravě se vyskytují i flaciáni) a stoupenci čistého kalvínství švýcarského a falckého. Není pochyby, že tyto poměry vyrůstaly ze staré nábožensky a myslitelsky živné půdy české a činily české země ostrovem snášenlivosti mezi okolními státy a knížetstvími, ostrovem, v němž ani proti katolictví nebylo se strany evangelíků postupováno s násilím.
Do tohoto úsilí vybudovati plně a konečně náboženskou svobodu, zavanul nepříznivý vítr až v druhé polovici vlády cís. Rudolfa II. Církev katolická, která se postupem reformace tak v českých zemích ztenčila, že koncem druhé polovice XVI. století tvořila tam už jen jednu sedminu a na Moravě dokonce jen jednu desetinu obyvatelstva, zaznamenávala znenáhla nový vzestup; přestála svoji krisi a restaurační myšlenky koncilu tridentského se uplatnily konečně i v ní. Bylo už řečeno, že císař Ferdinand povolal do Čech jesuity a že obnovením pražského arcibiskupství se snažil postaviti katolický český život na novou základnu. Císař Rudolf II. se podobal v náboženské otázce spíše svému dědovi nežli svému otci. Byl vychován ve Španělsku u svého strýce krále Filipa II. v přísných zásadách katolických. Plných osm let prožil na jeho dvoře, kde mu byla vštípena zřejmá nechuť ke všemu nekatolickému a kacířskému. Slíbiv r. 1575 nekatolickým Čechům současně s otcem náboženskou svobodu, nemohl proti nim vystupovati nepřátelsky, než odklon od českého kacířství se uplatňoval aspoň na jeho dvoře, na němž pomalu v služebnictvu a v nejbližším okolí císařově nebylo už téměř místa pro nekatolíka. Důležitější bylo, že se znenáhla přece i v jeho vládním systému počaly uplatňovati rozhodnější protireformační tendence, a to tím význačněji, čím více ho jeho rostoucí churavost duševní oddalovala od přímé účasti na záležitostech státních. Jeho nemoc nabývala povážlivého rázu zejména kolem r. 1600 a právě v té době se podařilo rozhodné straně katolické při dvoře obsaditi všechny nejdůležitější zemské úřady v Čechách a na Moravě oddanými svými stoupenci, členy mladé generace katolické, která vyrostla již na školách jesuitských a v nekompromisních myšlenkách protireformačních.
Odstraňování nekatolíků ze státní správy a zřejmé nadržování v ní straně katolické znamenalo, že se vlastně většina národa vylučovala z bezprostřední účasti na státní správě a že měla býti v dalších důsledcích toho také připravena o těžce udržovanou svobodu myšlení i svědomí. Ukazoval to už r. 1602 mandát proti Jednotě bratrské, jehož provádění těžce postihlo na př. hlavní sídlo Jednoty Mladou Boleslav, třebas další vývoj veřejných událostí akci vládní poněkud ochromil. Vylučování nekatolíků z úřadů jako úvod k další protireformační činnosti se uplatnilo i u samosprávy, na př. v početných městech královských, tedy v největších a nejdůležitějších obcích ve státě. Je přirozeno, že se vláda při takových počinech musila postaviti na půdu absolutistického řízení veřejných věcí a že se namnoze musila opírati i o moc vojenskou, jako se dálo na př. na horké půdě uherské, kde od r. 1593 byla vedena nová válka proti Turkům. Úspěchů v ní hleděla ústřední vláda na císařském dvoře užíti také na půdě náboženské, zejména ve městech, která v Uhrách dávno přijala nauky luterské.
V českých zemích samých byla to zejména t. zv. česká kancelář, jakési tehdejší ministerstvo vnitra, která pod vedením mladého a energického pána Zdeňka z Lobkovic (od r. 1600) vedla především tuto novou vlnu katolického výboje, nelekajíc se při tom ani boje proti samé nekatolické šlechtě a politických procesů proti jejím předákům, jako se stalo na př. moravskému vůdci nekatolické oposice Karlovi z Žerotína, anebo jako se takovým procesem hrozilo i vůdci Jednoty bratrské v Čechách Václavu Budovcovi z Budova.
Tento vládní kurs, který ukazoval, že se již nechtělo dbáti slibu cís. Maxmiliána, ani samého cís. Rudolfa z r. 1575, že nebude připuštěno, aby se nekatolíkům dály nějaké útisky pro náboženství, byl zřejmě nespravedlivý. Nedbal skutečných poměrů, vydávaje veřejnou správu v českém království v ruce zcela nepatrné menšině katolické a někde, jako na př. na Moravě, dokonce i lidem neschopným, neznalým poměrů a nešetrným k místním zvyklostem, kteří tam byli přímo vysíláni od císařského dvora, jen aby se vláda mohla o ně bezpečně opírati. Tento postup musil právem rozhořčiti veřejné mínění a vésti k odvetě, která se nejdříve projevila v Uhrách. Roku 1604 vypuklo tam ve východních končinách země povstání, vedené nekatolickým šlechticem sedmihradským Štěpánem Bočkajem, které mělo úspěch, ježto bylo proti císařskému vojsku podporováno i mocí tureckou. Roku 1606 se poměry v Uhrách vyvinuly tak, že vláda musila kapitulovati a císařův zástupce arcikníže Matyáš, té doby správce Rakous a Uher, byl donucen k dalekosáhlým ústupkům nejen Štěpánu Bočkajovi a Turkům, ale i v náboženské otázce všemu nekatolickému obyvatelstvu země. Když se císař rozpakoval potvrditi dohodu, která zejména vůči Turkům uváděla zcela v niveč všechny dřívější několikaleté válečné úspěchy císařské armády, přidal se k uherským povstalcům arcikníže Matyáš- sám, strhl do boje proti císaři i nespokojené protestantské Rakušany a Moravany a pokusil se s nimi sesaditi svého bratra s českého trůnu a vladařství vůbec.
Revoluční výbuch v Uhrách r. 1604 a těžká nespokojenost i jiných zemí pro otázku náboženskou zalekly samu habsburskou rodinu. Císař Rudolf byl svoboden a nezanechával tudíž žádného řádného nástupce po sobě; ostatní rodina habsburská chovala proto oprávněné obavy, že by se po jeho smrti mohli jak v Uhrách, tak v Čechách ohlédnouti po jiném vladaři a zcela se odtrhnouti od vlády Habsburků. Nebezpečí to bylo tím větší, že habsburská rodina marně nutila stárnoucího císaře k tomu, aby včas ustanovil po sobě za nástupce právě svého bratra Matyáše. V těchto pohnutých dobách byla to česká šlechta, která r. 1608 zachránila císaře. Žárlíce na politickou aktivitu ostatních zemí a odmítajíce pokus, aby jim byl takořka vnucen nový panovník, postavili se Čechové za svého císaře, zvláště když jim bylo zaručeno řádné uspořádání náboženské otázky. Ačkoliv arcikníže Matyáš se svými uherskými, rakouskými a moravskými protestantskými přáteli pronikl vojensky až ku Praze, zachránili přece Čechové mírem v Libni u Prahy r. 1608 císaři celou českou korunu až na Moravu, která byla dána se zeměmi rakouskými a Uhrami arciknížeti Matyášovi,, jehož Rudolf konečně přijal i za svého nástupce. Císař se sice po odvrácení nebezpečí zdráhal splniti svůj slib, že se konečně projedná úprava náboženské otázky v Čechách, jsa v tom podporován také odporem katolické strany české a katolickým zahraničím, ale čeští stavové nedali se již odvrátiti od svého požadavku. Pohrozivše císaři vojenskou akcí a spojivše se za tím účelem i se Slezany, donutili ho počátkem r. 1609 k tomu, aby jim podepsal významnou listinu neboli majestát na náboženskou svobodu, a to na podkladě České konfese z r. 1575. Císař po dlouhých rozpacích tak učinil dne 9. července, a tak se po více nežli 30 letech od smrti cís. Maxmiliána přece Čechové dočkali konečně toho, oč tak dlouho usilovali.
Ačkoli tak Čechové dosáhli své náboženské svobody takořka revolucí, přece nutno říci, že se od počátku postavili na zcela spravedlivé stanovisko i vůči straně katolické, takže Rudolfův Majestát může býti dalším krásným dokladem českého staletého úsilí o spravedlnost a svobodu svědomí pro každého. Majestátem se stanovilo, že všichni tři stavové čeští, t. j. páni, rytíři a města královská, pokud se přiznávali k České konfesi z r. 1575, mají míti nadále všechnu volnost i se svými poddanými znáti se k tomuto vyznání beze všech překážek a nemají býti nuceni spravovati se starými kompaktáty, která beztak, jak dodává majestát, byla již r. 1567 z privilegií zemských vypuštěna. Poněvadž strana pod jednou, pokračuje se v privilegiu, v tomto království své náboženství volně a svobodně provozuje a strana pod obojí, přiznávající se ke konfesi české, jí v tom žádné překážky nečiní, má tedy v tom býti zachována rovnost na obě strany. Přívržencům konfese dávala se dále do správy stará utrakvistická konsistoř k řízení záležitostí církevních a také pražská universita. O konsistoř byly od r. 1562 boje mezi králem a stavy novoutrakvistickými, stavům se však nepodařilo vyrvati ji z moci královské, jíž se stala v náboženských zápasech a rekatolisačních plánech vítaným nástrojem. To, že nyní byla dána do rukou strany novoutrakvistické i s universitou, dávalo stavům možnost zabezpečiti si do budoucna klidnou a dostatečnou výchovu kněží i bezpečnou církevní organisaci. Konečně bylo stavům dáno právo, aby si mohli volně stavěti další kostely na svých statcích podle svého vyznání a rovněž tak i školy. Majestát pamatoval dokonce i na poddané, o nichž stanovil, že nikdo ani z nich nemá býti odtiskován od svého náboženství a přinucován snad k náboženství druhému.
Tuto velkou svobodu císařskou doplnily obě náboženské strany české, t. j. strana hlásící se k české konfesi a strana katolická ještě zvláštní úmluvou mezi sebou, neboli vzájemným porovnáním. Toto zaručovalo oběma stranám v držbě kostelů, kostelního důchodu a nadání především status quo, čili právo, aby jedna každá strana mohla nadále držeti vše to, co právě měla v době uzavírání dohody. Obě strany dále zaručovaly svobodu i zbytkům církve staroutrakvistické a ponechávaly jim právo hlásiti se o své kněze podle své vůle i u katolického arcibiskupa pražského, tedy nikoliv u své bývalé konsistoře, která byla dána přívržencům české konfese. Ve vzájemném porovnání byla učiněna dohoda i o pochovávání mrtvých, o užívání hřbitovů, zvonění ve farnostech nábožensky smíšených, o placení desátků farářům atd., krátce šlo se do všech podrobností, aby byla zachována spravedlnost všem. Tak bylo ustanoveno, že ve smíšených farnostech mohou býti pohřbíváni u kostelů lidé obou stran, jestliže jen dávali k faře desátky ze svých pozemků nebo i jiné staré farní poplatky, určené k výživě kněží. Kdyby však se komu dály v tom překážky, nebyli pak postižení povinni odváděti takové platy a mohli se přihlásiti k libovolné farnosti jiné, která by jejich potřebám vyhovovala. Konečně bylo doloženo, že lidé na statcích královských vůbec, t. j. i mimo města královská, jimž bylo vše zaručeno jako třetímu zemskému stavu, pokud by byli podobojí a neměli vlastního kostela neb hřbitova, budou moci si rovněž takové svobodně postaviti. Statky královské byly považovány za statky zemské a proto nekatolická většina stavů se postarala i lidem na nich (na př. ve venkovských městech a městečkách poddanských) o možnost, postaviti si kostely svého náboženství, předpokládajíc právem, že katolická dynastie sama jim takové kostely nikdy nepostaví. Šlo tu pak o mnoho panství, neboť za statky královské nebo zemské považovaly se i všechny české statky církevní, t. j. statky pražského arcibiskupství, klášterů a kolegiálních kapitul, jež kdysi v zemi zakládali čeští panovníci z knížecího jmění.
Není pochyby, že oba české dokumenty z r. 1609 podávají vzácný důkaz o tom, jak v náboženských zápasech rostl skutečně na české půdě smysl pro obecnou svobodu svědomí a spravedlnost pro všechny i v náboženské otázce. Mezi ustanoveními obou důležitých listin je zvláště pozoruhodná péče českých nekatolických stavů o sedláka, tedy o třídu lidí politicky v té době bezprávných, kteří na př. v sousedním Německu podle vzniklé tam zásady Cujus regio, illius religio musili často ve 20 neb 30 letech několikrát změniti vyznání a jimž i sám Luther přiznával nanejvýše právo pasivního odporu, t. j. vystěhování, byli-li donucováni k víře jiné. V Čechách zákon zakazuje už předem nutiti je jakkoli ke změně víry. Je to snad první příklad v Evropě, kdy se i sedlákovi zaručovala zákonná ochrana proti náboženskému útisku. Právem bylo proto zdůrazněno, že obě české listiny z r. 1609 mohou býti českou pýchou, jsou krásným projevem českého ducha, vydávajíce nejlepší svědectví i o těch vůdčích osobách české strany nekatolické, které obě listiny koncipovaly a pak císaři k stvrzení předkládaly. Tehdejší Čechové byli tak nejen obhájci práv svědomí, jak praví o nich francouzský dějepisec E. Denis, ale spojovali svou věc i se vzdělaností a pokrokem.
Jisto je, že Majestát a Porovnání, jak krátce oba dokumenty jmenujeme, znamenaly plné vítězství nekatolických stavů. Velké většině Čechů se tak dostalo v náboženské otázce pevného základu právního, o který již tak dlouho v Čechách usilovali. Bylo to vysvobození z nejistého a nedůstojného postavení pro velkou většinu národa a byl to zároveň snad nejvýznamnější úspěch, jakého se kdy dostalo evangelické straně v zemích habsburských vůbec. Že také strana katolická v Čechách z největší části uznávala spravedlnost věci nekatolíků, dosvědčuje to, že Majestát i Porovnání vyšly ze společných porad sněmovních obou stran a že druhý dokument podepsali i zástupcové strany katolické. Jen malá skupina ve straně katolické nesouhlasila ani s cís. Rudolfem, když privilegium podepisoval, ani s těmi katolíky, kteří podepsali Porovnání. K této straně horlivých katolíků náležel na př. výše již uvedený nejvyšší český kancléř Zdeněk z Lobkovic, který jako přední úředník království spolupodepisoval důležité státní listiny, a pak pánové Vilém Slavata a Jaroslav z Martinic, oba z dalších nejvyšších úředníků českých, kteří jsou později známi z tragických počátků české revoluce r. 1618. Lobkovic nepodepsal Majestát a oba druzí odepřeli pak své podpisy na Porovnání, takže musili za ně akty podepsati jiní z nejvyšších úředníků katolických. Už to bylo v podstatě špatným úvodem k dalšímu vývoji, který se zhoršil také tím, že i Habsburkové v duchu považovali Majestát za vynucený a že se tudíž necítili plně vázáni list ten dodržovati.
Císař Rudolf sám nemohl oželeti ani svých ztrát v boji s bratrem, a zdá se, že se nedovedl v duchu zcela smířiti ani s postupem českých nekatolíků v letech 1608 — 09. Odtud vycházely jeho pokusy zvrátit ujednání s arciknížetem Matyášem za pomoci arciknížete Leopolda, biskupa v Pasově a Štrasburku, bratra pozdějšího císaře Ferdinanda II. Leopold vpadl roku 1611 do Čech, a poněvadž se takového vpádu nikdo nenadál, ježto Leopoldovo zbrojení bylo prohlašováno za přípravu k boji o dědictví uprázdněných německých knížetství Jülichu a Kleve, pronikl až do Prahy, jíž se také zčásti zmocnil. Jaké byly v podstatě jeho úmysly i úmysly stárnoucího a chorého císaře, není dnes zcela jasné, ale okolnost, že do akce Leopoldovy byli zapleteni katolíci až na Moravě, ukazuje, že plány byly dalekosáhlé. Pohotovostí Čechů a rychlým přivoláním arciknížete Matyáše z Rakous ku pomoci bylo vše zmařeno, arcikníže Leopold byl z Čech vypuzen a císař donucen k abdikaci. Ještě v květnu roku 1611 nastoupil po něm arcikníže Matyáš v Čechách a brzo na to i v Německu, kdežto Rudolf sám zemřel pak záhy na hradě pražském opuštěn a zapomenut jako výstražná obět své pochybené politiky, kterou dělal v druhé polovici své vlády po roku 1600.
Nejvýznamnější pro další český vývoj bylo, že i nový císař Matyáš (1611 — 19), který svou poslední politickou dráhu začínal s protestanty a který na konec i českou korunu dostal jen z vůle té strany, odklonil se brzo zcela od svých protestantských přátel. Matyáš převzal po bratrovi beze změny i všechny jeho katolické rádce a důvěrníky, a poněvadž ani on, stejně jako Rudolf, nevynikal velkou samostatností ve věcech vládních, upadl záhy do závislosti na nich, zejména pak na pletichářském starém svém důvěrníku kardinálu Khleslovi, biskupu vídeňském. Tento církevní hodnostář, který původně vyšel z protestantské rodiny vídeňské, prováděl jako Matyášův důvěrník již před rokem 1608 ostrou protireformační politiku v obojích Rakousích, jejichž správu vedl Matyáš jménem svého staršího bratra a císaře, a již tenkráte ji prováděl tak, že z proslulých náboženských koncesí císaře Maxmiliána z roku 1569 a 1571 nakonec mnoho nezbývalo a že rakouská šlechta byla vůči němu plna rozhořčení. Z té politiky vyšlo také povstání rakouské šlechty roku 1608 ve spolku s Uhry, jehož důsledků se Matyáš uchránil jen tím, že se sám obratně postavil v jeho čelo a šel s protestanty proti Praze a bratrovi. Strana nekatolická byla však zase brzo zatlačena od Matyášova dvora a v Čechách už v prvních letech jeho vlády docházelo ke značným rozporům s národem, a co bylo nejdůležitější, dokonce i ve výkladu samého Rudolfova Majestátu, kterého si Čechové dobyli s takovými obětmi a kterého si tolik vážili. Neshoda nastala zejména ve výkladu poněkud nejasně stylisovaného bodu, který stanovil, že poddaní na statcích královských si mohou rovněž stavěti své kostely.
Za takové statky, jak bylo už pověděno, byly považovány v Čechách i statky české církve, biskupství a klášterů založení zeměpanského, jichž bylo mnoho přes to, že války husitské jich značnou část sekularisovaly. Stavové nekatoličtí, kteří koncipovali obě význačné listiny z r. 1609, považovali to za samozřejmé a proto snad to ani zvláště nevytýkali, leč právě o to se nyní strana katolická opřela. Řím ve smyslu církevního práva dávno potíral tento názor, vyšlý z domácího práva českého, a strana katolická spolu i s císařem se ráda nyní chopila této příležitosti, aby stanovisko Čechů rovněž popřela. Když si proto poddaní dvou klášterních měst, v Broumově na statku tamního benediktinského kláštera, a v Hrobě na statku arcibiskupství pražského, který původně patřil klášteru v Oseku, jali stavěti protestantské kostely, došlo k těžkému sporu obou vrchností a pak i vlády s městy, který se táhl po několik let a v němž evangelická strana měla příležitost s lítostí pocítiti, jak upadá v pochybnost i její vymoženost z doby nedávné a jak sám císař se staví na stranu jim zřejmě nepřátelskou. Roztrpčenost Čechů vzrostla ještě více, když viděli, že císař dal do správy arcibiskupa i všechny kostely na vlastních královských statcích a že se arcibiskup v důsledku toho jal podnikati na nich ostrou protireformaci a po jeho příkladě pak i katolická šlechta na statcích svých, vše to zřejmě proti znění Majestátu. Obavy a neklid v zemi rostly i tím, když se poznávalo, že císař již nemá naděje na potomstvo a že jeho jediným nástupcem se může státi jeho synovec Ferdinand Štyrský, pozdější císař Ferdinand II, který jediný z Habsburků měl potomstvo a byl znám bezohlednou a tvrdou protireformací, kterou provedl ve svých zemích jihorakouských. I na něm bylo zřejmo, že se habsburská rodina čím dál tím více přiklání ke katolické orientaci života a že se přímo ztotožňuje s protireformačními cíli církve římské.
Bylo jisté, že dynastie upadala již od delší doby do tíživé situace. Rakouská její linie vládla zemím, stojícím již z největší části v táboře reformace; v Německu luterství zabralo rozhodnou většinu obyvatelstva do svého tábora, země rakouské, zejména oboje Rakousy samy, země české a uherské, jak jsme viděli, stály také téměř zcela v táboře nábožensky nepřátelském dynastii. Druhá větev rodu, Habsburkové španělští, kteří vládli i ve velké části Italie, v Belgii a v zámoří, vládli královstvím a zemím se starou tradicí katolickou. Větev ta pak se zdála býti na vymření a tak zření k dědictví po ní i všechny další rodinné zájmy — od let byl zrak Habsburků na př. upjat i ke katolickému království polskému — vedly i rakouské Habsburky do tábora katolického. Jako držitelé starého císařství římského měli také úkol chrániti tradici a jednotu víry; jen katoličtí Habsburkové si mohli udržeti císařskou korunu, o niž musil už Karel V. bojovati s katolickou mocí francouzskou. Ta jistota se pak zesilovala víc a víc při rostoucí regeneraci katolického světa i v Němcích. Viděli jsme konečně i na samém císaři Maxmiliánovi, jak všechny naznačené ohledy donutily i tohoto panovníka, který až do své smrti zůstal v srdci věren svému rozhodnutí jíti s revolucí Lutherovou, aby zapřel navenek své nitro a šel po vyšlapaných a tradičních cestách. Rudolf II. i Matyáš náleželi pak do tábora katolického již zcela zřejmě. To ovšem znamenalo, že se stále více stavěli proti velké většině českého národa, že se musili v zásadě stavěti přes jiná okamžitá rozhodnutí proti myšlence náboženské svobody a že si musili přáti, ano přímo usilovati o to, aby jejich země se staly rovněž katolickými. Pokud v nich měl živel nekatolický většinu, nebyla v nich vláda rodu zabezpečena.
Na druhé straně je nepochybné, že již boj českých stavů s Rudolfem II. o náboženskou otázku otřásl v očích národa značně postavením dynastie, budil k ní nedůvěru a snížil podstatně i úctu k ní. S jakou nedůvěrou přijímali Čechové již i císaře Matyáše, ukazují dalekosáhlé podmínky, které mu položili, aby měli záruky, že se neodváží sáhnouti jim na náboženské vymoženosti. Jestliže však Matyáš přesto nastoupil naznačenou cestu, není divu, že se trhaly poslední pásky, které ještě český národ k dynastii poutaly. Byly to původně obavy z moci turecké, které vedly Čechy r. 1526 k volbě Ferdinanda Rakouského na český trůn. Rod Habsburský jako vládce stejně ohrožených zemí rakouských mohl po pádu českého krále Ludvíka v bitvě proti Turkům r. 1526 nejlépe soustřediti všechny síly proti rozpínavosti turecké, neboť bratr Ferdinandův Karel V. byl současně císařem německým. Počátkem století XVII. se však nejevilo turecké nebezpečí již tak hrozivým jako před 100 lety. Na uvolňování poměru mezi Čechy a Habsburky působily pak ještě i jiné mocné vlivy. Mladá generace česká se totiž v druhé polovici vlády císaře Rudolfa II. již zřejmě Habsburkům odcizovala. Nemajíc svých škol doma, byla nucena studovati v cizině, kde přirozeně vyhledávala takové školy, které byly blízké jejímu přesvědčení náboženskému. Zejména kalvínské školy v německé Falci, ve Švýcařích a ve Francii působily na českou mládež v politice protihabsbursky a v náboženství radikálně. Tam zejména příslušníci Jednoty bratrské, jak zdůrazňoval později i známý Vilém Slavata ve svých Pamětech, ssáli do sebe jed kalvínského buřičství a vzpoury, jehož působení se pak projevovalo v celém českém veřejném životě. Česká šlechta byla také na rozdíl na př. od šlechty sousedních německých knížetství bohatá, požívala velkých politických práv a byla tudíž sebevědomá; tím vším věci po nových a nových zkušenostech s dynastií zrály znenáhla k rozhodnutí.
Čechové, když se zklamali i v císaři Matyáši, snažili se zabrániti aspoň tomu, aby snad ještě za jeho života byl ustanoven za jeho nástupce Ferdinand Štyrský. Prohlašujíce své království za volební, těšili se, že po vymření přímé linie habsburské na českém trůně císařem Matyášem budou moci svobodně a podle své vůle rozhodnouti o otázce, kdo bude českým králem. Političtí zahraniční zpravodajové posílali z Prahy o této náladě v Čechách zajímavé zprávy a skutečně v několika málo letech po korunování Matyášově za českého krále se obrátil všechen zákulisní politický boj k této otázce, ježto strana katolická nechtěla ztratiti žádnou vhodnou chvíli. Nekatoličtí Čechové však tento boj prohráli. Obratnému jednání dvora, hrozbám, nátlaku a získávání protivníků se podařilo r. 1617 dosíci toho, že Ferdinand Štyrský byl zvolen za českého krále a také hned na něho korunován přes to, že Matyáš dal svého času Čechům závazné prohlášení, že se za jeho života nebude jednati v Čechách o nástupnictví po něm. Nově zvolený král nedovedl pak potlačiti v sobě nechuť k české oposici, a poněvadž byl i jinak znám jako nejoddanější ctitel jesuitů a jejich vliv na něho byl veliký, viděli rozhodní Čechové, jak nepříznivé perspektivy se rýsují na politickém nebi do budoucna. Vidělo se, že svoboda víry a svědomí jsou ohroženy nejvyšší měrou jako nikdy před tím, že všechno úsilí o náboženskou svobodu, Majestát a všechny pokusy o politické svázání moci panovnické, jak se o to pokusili u Matyáše, neznamenají nic, a že má-li býti svoboda svědomí, o kterou bojovali v Čechách již 200 let, zachráněna, bude ji nutno chrániti jen zbraní, novým povstáním a vojenským zničením moci habsburské.
Zmíněný spor nekatolických měšťanů v Hrobech a v Broumově, který se táhl po léta nerozhodnut a který po volbě Ferdinandově za českého krále byl rázem rozhodnut v neprospěch měst, dal k tomu první popud. Stavové čeští byli zcela v právu, když se ujímali energicky svých souvěrců, ale odpovědi vlády byly již přímo hrozivé. Bylo zřejmo, že vláda sama nyní hodlá český odpor a české kacířství zlomiti mocí. Vůdcové oposice zároveň poznávali, že jde již i o jejich osobní svobodu a z toho došlo ke známému výbuchu povstání r. 1618, které začínalo pověstným vyhozením dvou hlavních sloupů tohoto vládního systému, Viléma Slavaty a Jaroslava z Martinic, z oken hradu pražského a zahájením války o náboženství, která se pak protáhla na plných 30 let.
Otázka česká překračovala od počátku hranice českého království. To se všude cítilo a také přistoupení Rakušanů a Uhrů k odboji, jež později následovalo, ukazovalo to jasně, stejně jako hnutí, jež tím bylo vyvoláno v celém Německu. Šlo také nejen o českou svobodu víry a svědomí, nýbrž šlo, jak věci stály, od počátku i o samu existenci habsburské dynastie a o osud katolické církve v celé střední Evropě, zejména když Čechové po roce boje si zvolili za krále kalvínského knížete Fridricha Falckého, zetě anglického krále Jakuba I., a když v Uhrách r. 1620 zavrhli Ferdinanda, zvolivše si za krále sedmihradského kalvínského vévodu Betlena Gabora. Vítězství Čechů by bylo tak skutečně znamenalo pád habsburské dynastie i v Německu a tím konec jejího velmocenského postavení v Evropě a úplnou vnitřní přestavbu střední Evropy. Je přirozeno, že se proto i všechen katolický svět sešikoval kol Habsburků na obranu svých ohrožených posic, ale bylo tragické, že svět protestantský nestál v té době v Evropě na výši situace. Neúčast Anglie a severních protestantských knížetství a království na boji a zrady v samém nekatolickém táboře německém umožnily Habsburkům po dvouletém zápase zdolat Čechy a tím zničit myšlenku protestantského vítězství a myšlenku svobody ducha, pro kterou jedině Čechové sáhli ke zbrani. Bílá hora, porážka Čechů u Prahy dne 8. listopadu 1620, značí v duševním vývoji evropského lidstva mocný mezník, pro Čechy pak speciálně nejen zničení politické svobody, ale i ožebračení hospodářské velkými konfiskacemi na majetku, vypovídání pro náboženství a násilné převedení království do tábora katolického, které teprve mohlo Habsburkům držení království pojistiti trvale.
Ve všech svých těžkých sporech s dynastií, v nichž svoboda víry byla čím dále tím více ohrožována, byli čeští stavové přirozeně vedeni k tomu, aby hleděli moc panovnickou co nejvíce zeslabiti. Jen takovou cestou si mohli pojistiti větší míru náboženské svobody. Vskutku tyto snahy můžeme sledovati v Čechách už od volby Ferdinanda I. za českého krále. Spor stavů s ním o otázku, zda byl zvolen nebo přijat za krále českého na základě dědických práv své manželky, který se táhl takořka po celou Ferdinandovu vládu, ukazoval však, že prvním Habsburkem Čechové získávali panovníka, který se svou povahou daleko více chýlil k tomu, aby stavům práv spise ubíral nežli přidával. Habsburkové měli tehdy své těžiště ve Španělsku a tamní absolutistické tendence vládní působily i na výchovu Habsburků rakouských, pokud tam v mládí žili. Když proto konflikty mezi dynastií a národem i pro náboženství se zostřovaly, hleděli čeští stavové zejména od počátku století XVII. posíliti své postavení proti dynastii i spolky se souvěrci v zahraničí, především se sousedy rakouskými a uherskými, t. zv. stavovskými konfederacemi k hájení společných zájmů. První taková stavovská konfederace byla uzavřena r. 1606 mezi Uhry, Čechy a zeměmi rakouskými na obranu míru vídeňského, který nekatolíkům uherským přiznával rozsáhlou svobodu náboženskou. Když pak roku 1608 vznikl odboj Uher, Moravy a Rakous proti Rudolfovi, uzavřely tyto země zase konfederaci mezi sebou, v níž si zaručovaly vzájemnou podporu na obranu náboženské svobody i proti samému arciknížeti Matyášovi, třeba se on sám postavil v čelo hnutí. Podobnou konfederaci uzavřeli Čechové se Slezany r. 1609, když vymáhali na císaři Rudolfovi Majestát, a ovšem konečně i v českém povstání došlo k podobné konfederaci mezi všemi zeměmi české koruny a pak mezi těmito zeměmi rakouskými a Uhrami.
Je zřejmo, že všechny tyto konfederace které byly spíše výtvorem revolucí a jež panovníci v mírových dobách neradi viděli a proto byli proti jejich stvrzení, usilovaly jen o to, aby se národům a zemím dostalo spravedlnosti. Podobné myšlenky sledovaly i soudobé české snahy o generální sněmy zemí českých a o společné sněmy koruny české se zeměmi rakouskými a Uhrami, s nimiž měli Čechové přirozené společné zájmy zejména ve věci náboženství. Také těmto snahám Habsburkové nepřáli jako všemu podobnému úsilí, které nutně musilo míti v zápětí posílení stavovského elementu, čili posílení myšlenky větší účasti kruhů národních a lidových ve vládě. Dnes se stanoviska lidského pokroku musíme v podstatě hleděti se sympatiemi i na toto stavovské úsilí, na myšlenku, že stavové, národ jsou vlastními nositeli státu a že král má býti v životě státním jen čistě faktorem representativním. Čechové také, když přijímali za svého pána Fridricha Falckého, dali tomuto nazírání na státní život výraz i v nové ústavě, kterou připravovali do budoucna a k níž zavazovali i svého krále. Všechny tyto myšlenky a všechno staleté úsilí o svobodu duševní a o nové pojímání myšlenky státní zničila však česká porážka r. 1620 na dlouhé doby. Teprve nová doba přivedla je k vítězství obecnému. Zůstává však ke cti českého jména, že právě Čechové, kteří nepatřili v Evropě k národům největším, už v tak dávných dobách přinesli myšlence pokroku a svobody tolik úsilí a práce a že ve chvíli nejvyššího jejího ohrožení neváhali za ni obětovat ani svou krev.
Čechové, vážíce si svého narovnání s koncilem, nedbali výroku Pia II., trvali dále na platnosti kompaktát a když přijímali po smrti krále Jiřího za svého panovníka Vladislava Polského, zavázali ho hned při nastoupení slibem, že bude kompaktáta uznávati za zemský zákon a také je jako taková zachovávati. Po jeho smrti zavázali podobně i jeho syna Ludvíka ar. 1526 i Ferdinanda Habsburského, když si ho zvolili za svého krále. Také obě strany náboženské v Čechách se shodly mezi sebou r. 1485 smlouvou v Kutné Hoře k zachovávání kompaktát s počátku na dobu 31 let, a když r. 1512 smlouvu obnovovali, již na věčné časy. Tak se Čechové ani po nové roztržce s Římem nepřestali pokládati za údy církve obecné a šli v tom dokonce tak daleko, že i své panovníky přímo zavazovali slibem, že se budou v Římě přičiňovati o nové uznání basilejského narovnání.
Vystoupení Lutherovo v Německu přineslo však i do církve husitské nové myšlenkové proudy. Lutherova smělost, s níž zavrhl všechno spojení s Římem, dodávala i Čechům odvahy, aby nelpěli tolik na svém dosavadním stanovisku, aby se nebáli rozchodu s církví a vybudovali si rovněž svobodnou církev národní, tak jako němečtí luteráni, a to nejen vzhledem k tomu, že Řím stále odsunoval smír s nimi, ale i proto, že kompaktáta povolovala české církvi vskutku jen velmi málo. Husité se sice doma domohli jakési církevní samosprávy, již od sklonku XV. století representovala husitská pražská konsistoř, která spravovala husitské kněžstvo a husitské fary zcela samostatně a nezávisle na konsistori katolické (v jejím čele stál na místě biskupově jeden neb dva administrátoři, kteří se samou konsistoří, skládající se z 12 mistrů a kněží, řídili všechny naznačené záležitosti), než svého biskupa, který by světil řádné kněze, nedosáhli čeští husité nikdy. Poněvadž však i oni trvali na zásadě, že také jejich kněží mají býti svěceni od řádně ustanovených biskupů, byli nuceni po své nové roztržce s Římem toto svěcení kněží získávati rozličným způsobem, často nedůstojně, za úplatky nebo pod falší, zejména u chudých biskupů italských, což nemohlo zůstati bez nepříznivého odlesku na život husitské církve i po stránce mravní. Není proto divu, že radikálnější elementy mezi husity si oblibovaly brzy rozhodnost Lutherovu, která byla u nich zesilována ostatně i vzmáhající se Jednotou bratrskou, odnoží to českého husitství, vzniklou v druhé polovici XV. století. Jednota bratrská, která vyšla z okruhu zemanského myslitele Petra Chelčického a na kterou působily zřejmé vlivy radikální strany husitské, t. zv. táborství, a též vlivy zahraničního valdenství, jež našlo v Čechách za husitských bouří své útočiště, se odhodlala k plnému rozchodu s Římem vlastně hned ve svých počátcích (r. 1457) a při něm také setrvala.
Ostatně i Luther sám dovedl si hned ve svých počátcích získati české sympatie. Ve své proslulé lipské disputaci se svými katolickými protivníky (r. 1519) prohlašoval veřejně, když ho protivníci obviňovali z obnovy českého kacířství, že učení Husovo bylo skutečně zcela „evangelické“ a v dalším svém působení, když se byl prostřednictvím Čechů ještě blíže seznámil s husitstvím, prohlásil je znova za zcela správné a žádal, aby Němci konečně již přestali Čechy kaceřovati a raději se s nimi v náboženství spojili. R. 1522 v tom smyslu do Čech i psal a vzbudil tam ještě za života krále Ludvíka velké hnutí, zejména v Praze. Utrakvistická reakce r. 1524 sice utlumila nový český radikalismus, než vliv Lutherův na českou církev utrakvistickou zůstal trvalý a vyvolával v českých zemích nový náboženský kvas, který šel již přímo za neomezenou náboženskou svobodou pro každého. Na Moravě předložili novému králi Ferdinandovi tento požadavek hned při jeho přijímání za pána r. 1526, žádajíce ho za takovou svobodu, podle níž by „jeden každý mohl Pánu Bohu svobodně a pokojně sloužiti podle toho, což by za dobré podle Zákona a naučení Páně poznal“, tedy beze všeho obmezení a jen podle Písma svátého. Sice i oni k tomu ještě přidávali požadavek, stejně jako to činili tou dobou ještě i němečtí luteráni, aby král podporoval obecné úsilí o svolání křesťanského koncilu, ten pak aby ukázal, zda skutečně někdo bloudí ve víře anebo nikoliv, a mohl pak takového poučiti a napraviti, ale pod tímto koncilem už se nikterak nemyslil koncil ve smyslu dosavadním a rovněž tak ne napravení autoritou církevní, nýbrž obecné křesťanské shromáždění, tedy i laiků, a napravení Písmem tak, jako kdysi žádal Hus v Kostnici a jak to hlásali i Luther a jeho přátelé, t. j. svobodným výkladem sv. Písma.
Nový český panovník Ferdinand Habsburský, kterého si Čechové r. 1526 zvolili za krále po tragické bitvě u Moháče, v níž padl jejich mladý král Ludvík Polský v boji proti Turkům, protože doufali, že spojením zemí českých a rakouských se vybuduje mocnější přehrada proti hrozící záplavě turecké, vyšel z přísné katolické výchovy ve Španělsku a bylo proto přirozeno, že na požadavky radikalisujících se husitů odpovídal zdrženlivě, tak jako to činil jeho císařský bratr Karel V. v Německu. Ukazoval při tom na kompaktáta, jež byl povinen zachovávat a chránit i podle ústavy a v nichž viděl i jinak možnou oporu pro své snahy. Než v době, kdy se volání po obecném koncilu stalo v západní Evropě obecným heslem a kdy velký rozmach německé reformace přímo volal po opravách v životě církve, uznával ovšem potřebu reformy on i Karel V. Přes to všechno však reforma podle jeho pojetí se mohla pohybovati jen v mezích tehdejší církve a proto se mu v Čechách stala kompaktáta mimoděk vítanou zbraní a závorou proti přílišnému utíkání od Říma. Sliboval tím horlivěji, že se vynasnaží v Římě o jejich nové potvrzení i o povolení kalicha, jen aby Čechy udržoval při církevní jednotě. Nenarážel-li tedy nový kvas v českých zemích na jeho odpor hned v počátcích a nedocházelo-li k žádným větším konfliktům v prvních letech jeho vlády, stalo se to proto, že zůstávala stále naděje na konečné uspořádání církevních zmatků i v Německu za spoluúčasti církve samé. Toto mírné stanovisko však platilo pro Ferdinanda jen v otázce samého husitství nebo jinde v otázce luterství, nikoli však, šlo-li o zřejmé výstřelky reformace, o všechna ona kacířství, jež provázejí každé velké hnutí náboženské a zacházejí na příliš radikální cesty, jako tomu bylo na př. u německého novokřtěnství, které proniklo i do českých zemí a v nich se také značně rozšířilo. Tu vystupoval nový král od počátku nelítostně, pronásledoval je krvavě, jak ukazuje na př. poprava novokřtěnského vůdce Baltazara Hubmaiera r. 1528, který pro pronásledování ve Švýcařích přišel na Moravu a v moravských městech zakládal první osady pro své souvěrce.
Za dlouhého pronásledování své víry Čechové sami vytrpěli dosti úzkostí a strachu pro své přesvědčení, a když nyní viděli, jak znova v Evropě teče proudem krev pro odchylné názory náboženské, zdůrazňovali tím více proti králi své pojetí náboženské svobody pro každého a pro každý náboženský názor, pokud by jen vycházel z Písma sv. a obracel se k jeho pravdám. V historii německé reformace najdeme také zdůrazňování náboženské svobody, a čteme-li na př. o švýcarské reformaci, najdeme v její historii často úplně shodnou motivaci požadavku svobody svědomí slovy, že víra je dar boží, jako u nás. Požadavek svobody a snášenlivosti je obvykle požadavkem všech menšin. Co však přináší tehdejší česká reformace více proti všem okolním náboženským hnutím a čím vlastně Čechové předešli všechny soudobé národy, byl jejich požadavek naprosté náboženské snášenlivosti, požadavek, aby náboženské přesvědčení každého zůstávalo jeho vnitřní záležitostí. Požadovaná svoboda v reformaci švýcarské se vztahovala jen na hnuti Zwingliho anebo Kalvínovo a podobně tak v Německu na hnutí Lutherovo; další odchylky náboženské tato hnutí již nerada viděla a záhy je opouštěla, tak jako se stalo na př. s novokřtěnstvím. Požadavek absolutní náboženské svobody, kterou Čechové hájili proti Ferdinandovi I., vyrůstal v českých zemích snad jen ze staletého vývoje, byl květem utrpení, jež Čechové již sto let prožívali pro své odchylné náboženství. Když se r. 1539 stavové moravští ujímali na zemských sněmích proti králi náboženského myslitele, drobného rytíře Jana Dubčanského, kterého král pro odchylné náboženské názory chtěl zničiti, činili tak, jak dodávali, jen proto, „poněvadž víra není nežli dar boží a žádnému od žádného jiného než od samého Boha dána býti nemůže“. Rozdíly ve víře považovali tedy přímo za boží zasažení, proti němuž lidé nemají reptati a chtíti je snad napravovati. Skoro týchž slov užil v té době vůči králi i přední představitel české šlechty, bohatý Jan z Pernštejna v svém listě, v němž králi psal s otevřeností, proč ztratil u českého národa všechny sympatie: lidé v Čechách prý těžce nesou, že ve věci náboženství postupuje bezohledně a mnohé pro náboženské přesvědčení pronásleduje. „Víra, milostivý králi — dodává — je dar boží a komu není dána od Boha, od lidí mu dána býti nemůže.“
Vskutku se v Čechách také podle toho chovali. Máme o tom mnoho soudobých svědectví, zejména z druhé země české koruny, kde ústřední vláda královská nebyla již tak účinná. Žaloby, že v mnohých městech na Moravě je deset až dvacet věr, byly časté a soudobý boj moravských stavů na sněmích s králem Ferdinandem o novokřtěnce, jež král chtěl na každý způsob zničiti, boj, jenž se táhl takřka 30 let, je zvláště dokladem naznačeného mínění v širokých vrstvách. Novokřtěnci byli cizinci, kteří prchali z Němec před pronásledováním a kteří právě na Moravě ve jménu výše vyložené svobody svědomí docházeli klidného a tichého útulku. Když se vidělo, že nikterak nechtějí rozvraceti soudobé sociální řády, jak jim bylo vytýkáno, ano, že jsou to v podstatě tiší a přičinliví křesťané, vynakládaly moravské sněmy všechno úsilí k tomu, aby je proti králi bránily a také je skutečně ubránily.
Tato nálada v Čechách působila především, že vliv německé reformace tak zradikalisoval starou víru husitskou, že Čechové dvě tři desítiletí po zvolení Ferdinandově za krále českého již skoro vůbec nestáli o spojení s církví obecnou, že se s ní rozešli vnitřně docela tak jako Luther a jeho stoupenci v Německu. Husité se rozpadli na dvě strany: na stranu konservativní, katolické husity, kteří ještě stále usilovali o spojení s Římem, a stranu radikální, evangelické husity ve smyslu luterském, které zveme také novými podobojími, novoutrakvisty, kteří zamítali všechno spojení s kruhy římskými a kteří rychle zatlačovali stranu starověrců do pozadí. Již roku 1543 došlo mezi oběma stranami a tím i s králem ke konfliktu, když si staroutrakvisté, kterým stačil původní stav a kompaktáta, stěžovali u krále, že se radikálové snaží ovládnouti i konsistoř a tak husitskou církev zavésti zcela do vod luterských. Již tenkráte zasáhl král energicky. Opíraje se o kompaktáta, sáhl dokonce i na vůdce radikálů dra Václava Mitmánka, rozhodného a vzdělaného průkopníka nových směrů, který navázal ve Vitemberce s Lutherem i osobní styky. Vrátiv se ze studií v cizině, byl Mitmánek roku 1542 volen do konsistoře, již ve smyslu naznačeného vývoje chtěl převésti do služeb velké většiny. Král dal dra Mitmánka uvězniti a potom dokonce i ze země vypověděti, stavům pak, kteří stáli za ním, pohrozil, zdůrazňuje, že neprávem překročují svoji pravomoc, když chtějí zasahovati přímo do řízení husitské církve a její správy.
Habsburkové šli zřejmě opačnými cestami nežli Čechové. Vidouce německý rozvrat náboženský chtěli zachránit starý utrakvismus a Čechy konečně s ním převésti do církve římské. Skutečné rozdíly mezi oběma církvemi nebyly veliké. Obě strany dělilo tehdy snad jen přijímání dětí a bezpodmínečné přijímání pod obojí způsobou, na němž Čechové trvali. Než Řím ani v této důležité chvíli nebyl ústupnější. Již roku 1533 podnikl král Ferdinand v Římě bez úspěchu kroky o přijetí Čechů do církve a ani roku 1536 nemělo jeho úsilí výsledku. Tak propagandě luterské byla tím více umožňována cesta do Čech. Habsburkové trvali na církevní jednotě i v Německu, a když v letech čtyřicátých bylo jasno, že luterány nedostanou mírnými cestami k jednotě, rozhodli se pro postup násilný, ztotožňujíce se ve svém názoru na německou reformaci čím dál tím více se stanoviskem Říma. Tak tam došlo roku 1547 ke známé válce protestantské Jednoty šmalkaldské s cís. Karlem V. a jeho bratrem Ferdinandem. Čechové přes všechno vyzývání královo se nepostavili po jeho bok proti německým protestantům; neodvážili se však postaviti přímo ani do řad svých německých souvěrců, třeba se zbraně rovněž chopili. Přispěli tím k porážce Němců u Mühlberka a doma i oni krvavě zaplatili své sympatie k Lutherově reformaci. Několik předních spiklenců ze šlechty a měšťanstva bylo v Praze popraveno nebo potrestáno zabavením majetku, obce městské pak ještě nad to byly potrestány ztrátou svých svobod. S novoutrakvisty byla potrestána i Jednota bratrská, která se odboje účastnila ještě horlivěji nežli strana druhá. Na Jednotu nemusil král zvláště bráti ohledů podle zemských zákonů a proto její biskup Jan Augusta, hlavní představitel sbližování Jednoty s německou reformací, byl vzat do vězení a Jednotě nadešlo první vyhnanství. Její příslušníci se uchylovali z velké části na Moravu, která se nezúčastnila boje v Němcích a proto nadále požívala v otázce náboženské klidu, anebo až do sousedního Polska.
Po porážce německých luteránů a po prvních odsouzeních německé reformace církevním koncilem, který zasedal od r. 1545 v městě Tridentě, se zdálo Ferdinandu I., že k řešení dozrála i česká náboženská otázka. Král se rozhodl vykořeniti v českých zemích zcela nejen luterství, ale i jiná kacířství a provésti opětné spojení české církve husitské s Římem mocí. Toto své úsilí spojoval se snahou po obrodě silně zmenšené katolické církve české, jíž poslal do Prahy ku pomoci r. 1556 první jesuity a pro kterou obnovil r. 1561 i pražské arcibiskupství, zaniklé někdy ve válkách husitských. R. 1562 zasáhl přímo i do správy husitské konsistoře, obsadiv ji lidmi sobě oddanými, aby tak ještě lépe připravil její splynutí s církví katolickou. Hájil rozhodně svůj postup proti šlechtě, snažící se dokazovati, že ona má právo obsazovati konsistoř, a v Římě a na koncilu vymohl v téže době konečně povolení kalicha pro laiky při bohoslužbě. Podobnými cestami se snažil shlížiti s církví římskou husity i na Moravě. Poněvadž husitská církev tam tvořila od počátku s církví českou jednu náboženskou společnost a pražská konsistoř husitská pečovala stejně o Čechy jako o Moravu, hleděl uvolňující se Moravu znova připoutati k pražské konsistoři, aby potom obě české země plánovitě převedl do okruhu církve katolické; v posledních letech svého života pak moravskou církev husitskou ještě přímo podřídil dohledu katolického biskupa olomouckého.
Takové byly plány královy v posledních letech jeho života (zemřel r. 1564). Není pochyby, že by je byl mohl provésti jen násilím, protože jim situace v českých zemích již nijak neodpovídala. Od r. 1526, kdy Ferdinand přicházel do Čech, uplynulo příliš mnoho let, za nichž se Čechové vlivem německé reformace odchýlili tak daleko od původní víry husitské, že na jejich spojení s Římem nebylo už ani pomyšlení. A nejen že české obyvatelstvo se daleko odklonilo od katolictví; náboženský radikalismus zachvátil v Čechách a na Moravě také veškero obyvatelstvo německé. To stálo do té chvíle věrně v řadách katolických, ale na sklonku vlády Ferdinandovy bylo již pevně v táboře protestantském. Německá reformace získala je zcela a všecko bylo proto přirozené, že v konfliktu s králem toto obyvatelstvo by jen bylo posílilo české řady. Bylo proto štěstím pro české království, že Ferdinand r. 1564 zemřel a že na jeho místo nastoupil jeho syn Maxmilián, který byl v náboženské otázce podstatně jiných názorů nežli otec.
Císař Maxmilián II. (1564 — 76) byl v mladých letech sám horlivým přívržencem luterské reformace a v padesátých letech XVI. století se každou chvíli čekal jeho veřejný přestup ke konfesi augšpurské. Jeho otec však a také jeho okolí a příbuzenstvo působili naléhavě na nového dědice trůnu, aby ho odvrátili od toho dalekosáhlého kroku. Ještě před smrtí cís. Ferdinand donutil přímo svého syna k tomu, aby zůstal v církvi katolické, a teprve po zcela jasném jeho prohlášení před členy rodiny a před státní radou, že zůstane katolickému náboženství věrný, svolil, aby se stal jeho nástupcem. Byly to tedy spíše vnější důvody, pro které Maxmilián chystaný přestup k luterství neprovedl; uvnitř a tajně zůstával stoupencem nových nauk dále. To přirozeně působilo do značné míry na jeho církevní politiku. Ohledy dynastické a zření k Římu měly sice po celý jeho život na ni vliv, ale přesto nikde nepronásledoval přívrženců luterské reformace, ano v počátcích své vlády, zejména v letech 1569 a 1571 povolil v zemích rakouských luteránům dosti rozsáhlou svobodu. Se strany katolické a se strany Říma bylo na něho pro tyto jeho náboženské koncese rakouské zle útočeno, ale to způsobilo jen tolik, že si císař vedl nadále ve výslovném povolování náboženských svobod opatrněji, nebráně však ani potom nijak šíření německé reformace.
Čeští stavové evangeličtí, znajíce vnitřní náboženské přesvědčení královo a vidouce jeho ústupnost v Rakousích, obrátili se také na pražském sněmu r. 1571 k němu se žádostí o svobodu víry podle augšpurské konfese, a když císař váhal, pokusili se o to r. 1575 v Praze znova. Poněvadž okolí císařovo i císař sám vytýkali Čechům značnou neujasněnost a roztříštěnost v náboženských názorech, spojila se k jednání aspoň obě hlavní česká nekatolická vyznání, novoutrakvisté a Jednota, a vypracovala si společnou konfesi, kterou známe pod jménem Česká konfese, a tu učinila podkladem jednání. Stálo to sice mnoho práce, nežli obě strany došly k tomuto sjednocení; zejména Jednota bratrská, která byla přesvědčena o tom, že svými mravními řády stojí mnohem výše nežli strana druhá, dlouho váhala zříci se svobodného a samostatného postavení. Od r. 1547, kdy byla těžce postižena nezdarem protestantů v Německu, se její vnitřní vývoj také odkloňoval od luterství a tím se poněkud vzdaloval i od českého novoutrakvismu. Když její biskup Jan Augusta byl, jak již bylo řečeno, uvězněn, padla její dosavadní luterská orientace, kterou on nejvíce podporoval, a za jeho nástupců a zejména za učeného biskupa Jana Blahoslava se přikláněla spíše k reformaci švýcarské, zvláště když luterský svět německý počaly zmítati prudké boje dogmatické. Než poznání, že jen ve společném úsilí mohou Čechové dojíti úspěchu, překonalo rozpaky i bratrských theologů stejně jako vzpomínky na nezdařený pokus Jednoty hned v počátcích vlády Maxmiliánovy, dosíci od něho stvrzení své konfese. Nová česká konfese byla tak vypracována, aby hověla oběma stranám, vyhýbala se jemným věroučným distinkcím a tím nebyla nepodobná Melanchtonovu přepracování augšpurské konfese z r. 1540, v níž se měly rovněž sejíti k společnému dalšímu postupu protestantské strany německé, které vycházely z Luthera i z Zwingliho anebo Kalvína. Poměr novoutrakvistů, z nichž v podstatě vycházela Česká konfese, k německé reformaci vysvítá jasně z toho, že za základ nové konfese posloužila takořka výhradně konfese augšpurská, upravená jen v některých částech více se zřetelem ke konfesi Jednoty a starší tradici husitské. Působilo na to nemalou měrou zajisté i vědomí, že si císař osobně od mládí oblíbil vyznání Lutherovo a že vůči kalvinismu stál na stanovisku odmítavém, a stejně i to, že augšpurská konfese stála v Německu pod ochranou říšských zákonů. Skutečnost, že augšpurská konfese byla v Čechách znova a znova vydávána tiskem až do pádu české náboženské svobody roku 1620, ukazuje ostatně, že u největší části českého lidu se vycházelo z tohoto zdroje víry.
Čeští stavové měli r. 1575 na mysli již plné a základní uspořádání náboženské otázky. S novou konfesí, v níž se seskupovala největší část národa a v níž bylo místo i pro další odstíny reformace, předložili císaři také návrh na organisaci nové církve, podle něhož stará husitská konsistoř měla přejíti zcela do rukou tvůrců konfese a administrátorové konsistoře měli býti dosazováni od nich. Reorganisovaná konsistoř, v níž Jednota bratrská měla mítí užší samosprávu, měla ustanovovati duchovní správce bez dosavadního biskupského svěcení, t. j. nová česká církev měla býti zbavena i této poslední závislosti na církvi katolické, s níž měly býti zpřetrhány všechny svazky a pouta. Podrobné sledování sněmovního jednání z r. 1575 ukazuje, že Čechové připravili těžké chvíle svému panovníkovi, na něhož působila vším vlivem k neústupnosti nejen katolická menšina česká, ale i papežský nuncius, sídlící při císařském dvoře, dále také zástupce katolické vlády španělské a konečně i stará církev husitská, která se bála ztráty své konsistoře a tím odsouzení k úplné bezvýznamnosti. Jednání sněmovní se táhla po měsíce, až řečený nátlak strany katolické a ohledy rodinné (Maxmilián měl 4 syny, o jejichž zaopatření mu šlo), které ho činily rovněž závislým na dobré vůli katolického světa a Říma, způsobily, že král odepřel žádosti Čechů zákonnou sankci. Dal jim pouze ústní slib, že jim nebude činiti žádné překážky v jejich náboženství a že ani nedovolí, aby jim byly překážky činěny odjinud, na př. od pražského arcibiskupa. Tento slib pak jim dal současně i císařův syn Rudolf II., který na témž sněmu byl korunován za českého krále.
Tak se rozešel ten důležitý pražský sněm na zevnějšek sice pro české nekatolíky neúspěšně, ve skutečnosti však měl pro náboženský vývoj český význam velmi podstatný. Maxmilián nečinil české šlechtě žádných nesnází ve věcech víry ani do r. 1575, tím méně pak po tomto roce. Svůj slib, daný sněmu, ovšem omezoval jen na šlechtu a její poddané, tak jako kdysi postupoval ve svých koncesích v Rakousích, a nezahrnul v něj královská města, která byla také zemským stavem a to proto, že byla jeho vlastním majetkem. Ještě téhož roku 1575 obnovila jeho vláda dokonce starý zapomenutý mandát proti Bratřím, ale poněvadž se bratrská šlechta mohla právem odvolávati na předchozí císařský slib, který se přece vztahoval i na ni, bylo možno v obnoveném mandátě viděti spíše demonstraci, která přihlížela více k straně katolické; měla v jejích očích zakrýti slib daný nekatolíkům na sněmu. Ani to, že král do slibu nezahrnoval svá města, nemělo velké váhy; od počátku se v Čechách novoutrakvisté kryli vůči vládě za staroutrakvisty, kteří měli zákonité povolení k své víře a Maxmilián sám byl poslední z těch, kteří by zkoumali rozdíly věroučné.
Císař Maxmilián zemřel již následujícího roku 1576, ale i jeho nástupce Rudolf II. (1574 — 1612) byl vázán slibem z r. 1575, a tak v českých zemích ve věci náboženství byl dlouho klid i za jeho vlády. Byla to rozhodující doba pro český náboženský vývoj. V ní se provedl přechod od husitství k nové víře, nové poměry se ustálily beze zmatků, bez bouří a bez pronásledování. Tento přechod od staré víry husitské k nové reformaci a klidné ustálení nových poměrů lze zvláště pěkně sledovati v druhé zemi české, na Moravě, kde šlechta, hlásící se k reformaci, si sama vybudovala po rozpadu organisace husitské církve novou církevní správu, jíž za podklad posloužila zcela augšpurská konfese. Nová správa byla organisována podle čtyř krajů zemských pod krajskými děkany nebo superintendenty, jimž stály po boku krajské konsistoře, těšící se značné samosprávě a nezávislosti na šlechtickém živlu, pravý to opak poměrů vládnoucích v Německu, kde knížecí moc pohlcovala všecko i v náboženském životě. Tato nová církevní samospráva se tu ustálila na samém sklonku XVI. století, zatím co zbytky staroutrakvistů upadaly čím dál tím více v závislost katolických biskupů olomouckých. V Čechách, třebas Česká konfese nebyla císařem uznána, stala se nicméně krystalisačním bodem, o který se opíral všechen následující vývoj; v něm můžeme znova zdůrazniti již výše zmíněný demokratický rys. V německé reformaci selhávaly, jak bylo řečeno, všechny pokusy o sjednocení reformace švýcarské a německé aspoň navenek, zvláště od té doby, kdy kalvinismus pevně zakotvil i v Německu a potáhl za sebou značnou část národa. Docházelo spíše ještě k většímu odcizení a nenávisti obou stran, která se pak tak tragicky uplatnila zejména ve chvíli, kdy se Čechové v počátcích války třicetileté chopili boje za svoji svobodu proti Habsburkům. Svéráz českých poměrů se projevoval právě v tom, že se kolem České konfese seskupila řada věroučných odstínů při naprosté svobodě a snášenlivosti všech, a to od přísného luterství saského, které proniklo v Čechách zejména do krajů s obyvatelstvem německým, až po nejradikálnější směry levé, k nimž se klonily zejména některé kruhy české. Vedle novoutrakvistů, kteří si luterství prodchli starými domácími tradicemi, a vedle Jednoty bratrské žili tu i přívrženci melanchtonství (na Moravě se vyskytují i flaciáni) a stoupenci čistého kalvínství švýcarského a falckého. Není pochyby, že tyto poměry vyrůstaly ze staré nábožensky a myslitelsky živné půdy české a činily české země ostrovem snášenlivosti mezi okolními státy a knížetstvími, ostrovem, v němž ani proti katolictví nebylo se strany evangelíků postupováno s násilím.
Do tohoto úsilí vybudovati plně a konečně náboženskou svobodu, zavanul nepříznivý vítr až v druhé polovici vlády cís. Rudolfa II. Církev katolická, která se postupem reformace tak v českých zemích ztenčila, že koncem druhé polovice XVI. století tvořila tam už jen jednu sedminu a na Moravě dokonce jen jednu desetinu obyvatelstva, zaznamenávala znenáhla nový vzestup; přestála svoji krisi a restaurační myšlenky koncilu tridentského se uplatnily konečně i v ní. Bylo už řečeno, že císař Ferdinand povolal do Čech jesuity a že obnovením pražského arcibiskupství se snažil postaviti katolický český život na novou základnu. Císař Rudolf II. se podobal v náboženské otázce spíše svému dědovi nežli svému otci. Byl vychován ve Španělsku u svého strýce krále Filipa II. v přísných zásadách katolických. Plných osm let prožil na jeho dvoře, kde mu byla vštípena zřejmá nechuť ke všemu nekatolickému a kacířskému. Slíbiv r. 1575 nekatolickým Čechům současně s otcem náboženskou svobodu, nemohl proti nim vystupovati nepřátelsky, než odklon od českého kacířství se uplatňoval aspoň na jeho dvoře, na němž pomalu v služebnictvu a v nejbližším okolí císařově nebylo už téměř místa pro nekatolíka. Důležitější bylo, že se znenáhla přece i v jeho vládním systému počaly uplatňovati rozhodnější protireformační tendence, a to tím význačněji, čím více ho jeho rostoucí churavost duševní oddalovala od přímé účasti na záležitostech státních. Jeho nemoc nabývala povážlivého rázu zejména kolem r. 1600 a právě v té době se podařilo rozhodné straně katolické při dvoře obsaditi všechny nejdůležitější zemské úřady v Čechách a na Moravě oddanými svými stoupenci, členy mladé generace katolické, která vyrostla již na školách jesuitských a v nekompromisních myšlenkách protireformačních.
Odstraňování nekatolíků ze státní správy a zřejmé nadržování v ní straně katolické znamenalo, že se vlastně většina národa vylučovala z bezprostřední účasti na státní správě a že měla býti v dalších důsledcích toho také připravena o těžce udržovanou svobodu myšlení i svědomí. Ukazoval to už r. 1602 mandát proti Jednotě bratrské, jehož provádění těžce postihlo na př. hlavní sídlo Jednoty Mladou Boleslav, třebas další vývoj veřejných událostí akci vládní poněkud ochromil. Vylučování nekatolíků z úřadů jako úvod k další protireformační činnosti se uplatnilo i u samosprávy, na př. v početných městech královských, tedy v největších a nejdůležitějších obcích ve státě. Je přirozeno, že se vláda při takových počinech musila postaviti na půdu absolutistického řízení veřejných věcí a že se namnoze musila opírati i o moc vojenskou, jako se dálo na př. na horké půdě uherské, kde od r. 1593 byla vedena nová válka proti Turkům. Úspěchů v ní hleděla ústřední vláda na císařském dvoře užíti také na půdě náboženské, zejména ve městech, která v Uhrách dávno přijala nauky luterské.
V českých zemích samých byla to zejména t. zv. česká kancelář, jakési tehdejší ministerstvo vnitra, která pod vedením mladého a energického pána Zdeňka z Lobkovic (od r. 1600) vedla především tuto novou vlnu katolického výboje, nelekajíc se při tom ani boje proti samé nekatolické šlechtě a politických procesů proti jejím předákům, jako se stalo na př. moravskému vůdci nekatolické oposice Karlovi z Žerotína, anebo jako se takovým procesem hrozilo i vůdci Jednoty bratrské v Čechách Václavu Budovcovi z Budova.
Tento vládní kurs, který ukazoval, že se již nechtělo dbáti slibu cís. Maxmiliána, ani samého cís. Rudolfa z r. 1575, že nebude připuštěno, aby se nekatolíkům dály nějaké útisky pro náboženství, byl zřejmě nespravedlivý. Nedbal skutečných poměrů, vydávaje veřejnou správu v českém království v ruce zcela nepatrné menšině katolické a někde, jako na př. na Moravě, dokonce i lidem neschopným, neznalým poměrů a nešetrným k místním zvyklostem, kteří tam byli přímo vysíláni od císařského dvora, jen aby se vláda mohla o ně bezpečně opírati. Tento postup musil právem rozhořčiti veřejné mínění a vésti k odvetě, která se nejdříve projevila v Uhrách. Roku 1604 vypuklo tam ve východních končinách země povstání, vedené nekatolickým šlechticem sedmihradským Štěpánem Bočkajem, které mělo úspěch, ježto bylo proti císařskému vojsku podporováno i mocí tureckou. Roku 1606 se poměry v Uhrách vyvinuly tak, že vláda musila kapitulovati a císařův zástupce arcikníže Matyáš, té doby správce Rakous a Uher, byl donucen k dalekosáhlým ústupkům nejen Štěpánu Bočkajovi a Turkům, ale i v náboženské otázce všemu nekatolickému obyvatelstvu země. Když se císař rozpakoval potvrditi dohodu, která zejména vůči Turkům uváděla zcela v niveč všechny dřívější několikaleté válečné úspěchy císařské armády, přidal se k uherským povstalcům arcikníže Matyáš- sám, strhl do boje proti císaři i nespokojené protestantské Rakušany a Moravany a pokusil se s nimi sesaditi svého bratra s českého trůnu a vladařství vůbec.
Revoluční výbuch v Uhrách r. 1604 a těžká nespokojenost i jiných zemí pro otázku náboženskou zalekly samu habsburskou rodinu. Císař Rudolf byl svoboden a nezanechával tudíž žádného řádného nástupce po sobě; ostatní rodina habsburská chovala proto oprávněné obavy, že by se po jeho smrti mohli jak v Uhrách, tak v Čechách ohlédnouti po jiném vladaři a zcela se odtrhnouti od vlády Habsburků. Nebezpečí to bylo tím větší, že habsburská rodina marně nutila stárnoucího císaře k tomu, aby včas ustanovil po sobě za nástupce právě svého bratra Matyáše. V těchto pohnutých dobách byla to česká šlechta, která r. 1608 zachránila císaře. Žárlíce na politickou aktivitu ostatních zemí a odmítajíce pokus, aby jim byl takořka vnucen nový panovník, postavili se Čechové za svého císaře, zvláště když jim bylo zaručeno řádné uspořádání náboženské otázky. Ačkoliv arcikníže Matyáš se svými uherskými, rakouskými a moravskými protestantskými přáteli pronikl vojensky až ku Praze, zachránili přece Čechové mírem v Libni u Prahy r. 1608 císaři celou českou korunu až na Moravu, která byla dána se zeměmi rakouskými a Uhrami arciknížeti Matyášovi,, jehož Rudolf konečně přijal i za svého nástupce. Císař se sice po odvrácení nebezpečí zdráhal splniti svůj slib, že se konečně projedná úprava náboženské otázky v Čechách, jsa v tom podporován také odporem katolické strany české a katolickým zahraničím, ale čeští stavové nedali se již odvrátiti od svého požadavku. Pohrozivše císaři vojenskou akcí a spojivše se za tím účelem i se Slezany, donutili ho počátkem r. 1609 k tomu, aby jim podepsal významnou listinu neboli majestát na náboženskou svobodu, a to na podkladě České konfese z r. 1575. Císař po dlouhých rozpacích tak učinil dne 9. července, a tak se po více nežli 30 letech od smrti cís. Maxmiliána přece Čechové dočkali konečně toho, oč tak dlouho usilovali.
Ačkoli tak Čechové dosáhli své náboženské svobody takořka revolucí, přece nutno říci, že se od počátku postavili na zcela spravedlivé stanovisko i vůči straně katolické, takže Rudolfův Majestát může býti dalším krásným dokladem českého staletého úsilí o spravedlnost a svobodu svědomí pro každého. Majestátem se stanovilo, že všichni tři stavové čeští, t. j. páni, rytíři a města královská, pokud se přiznávali k České konfesi z r. 1575, mají míti nadále všechnu volnost i se svými poddanými znáti se k tomuto vyznání beze všech překážek a nemají býti nuceni spravovati se starými kompaktáty, která beztak, jak dodává majestát, byla již r. 1567 z privilegií zemských vypuštěna. Poněvadž strana pod jednou, pokračuje se v privilegiu, v tomto království své náboženství volně a svobodně provozuje a strana pod obojí, přiznávající se ke konfesi české, jí v tom žádné překážky nečiní, má tedy v tom býti zachována rovnost na obě strany. Přívržencům konfese dávala se dále do správy stará utrakvistická konsistoř k řízení záležitostí církevních a také pražská universita. O konsistoř byly od r. 1562 boje mezi králem a stavy novoutrakvistickými, stavům se však nepodařilo vyrvati ji z moci královské, jíž se stala v náboženských zápasech a rekatolisačních plánech vítaným nástrojem. To, že nyní byla dána do rukou strany novoutrakvistické i s universitou, dávalo stavům možnost zabezpečiti si do budoucna klidnou a dostatečnou výchovu kněží i bezpečnou církevní organisaci. Konečně bylo stavům dáno právo, aby si mohli volně stavěti další kostely na svých statcích podle svého vyznání a rovněž tak i školy. Majestát pamatoval dokonce i na poddané, o nichž stanovil, že nikdo ani z nich nemá býti odtiskován od svého náboženství a přinucován snad k náboženství druhému.
Tuto velkou svobodu císařskou doplnily obě náboženské strany české, t. j. strana hlásící se k české konfesi a strana katolická ještě zvláštní úmluvou mezi sebou, neboli vzájemným porovnáním. Toto zaručovalo oběma stranám v držbě kostelů, kostelního důchodu a nadání především status quo, čili právo, aby jedna každá strana mohla nadále držeti vše to, co právě měla v době uzavírání dohody. Obě strany dále zaručovaly svobodu i zbytkům církve staroutrakvistické a ponechávaly jim právo hlásiti se o své kněze podle své vůle i u katolického arcibiskupa pražského, tedy nikoliv u své bývalé konsistoře, která byla dána přívržencům české konfese. Ve vzájemném porovnání byla učiněna dohoda i o pochovávání mrtvých, o užívání hřbitovů, zvonění ve farnostech nábožensky smíšených, o placení desátků farářům atd., krátce šlo se do všech podrobností, aby byla zachována spravedlnost všem. Tak bylo ustanoveno, že ve smíšených farnostech mohou býti pohřbíváni u kostelů lidé obou stran, jestliže jen dávali k faře desátky ze svých pozemků nebo i jiné staré farní poplatky, určené k výživě kněží. Kdyby však se komu dály v tom překážky, nebyli pak postižení povinni odváděti takové platy a mohli se přihlásiti k libovolné farnosti jiné, která by jejich potřebám vyhovovala. Konečně bylo doloženo, že lidé na statcích královských vůbec, t. j. i mimo města královská, jimž bylo vše zaručeno jako třetímu zemskému stavu, pokud by byli podobojí a neměli vlastního kostela neb hřbitova, budou moci si rovněž takové svobodně postaviti. Statky královské byly považovány za statky zemské a proto nekatolická většina stavů se postarala i lidem na nich (na př. ve venkovských městech a městečkách poddanských) o možnost, postaviti si kostely svého náboženství, předpokládajíc právem, že katolická dynastie sama jim takové kostely nikdy nepostaví. Šlo tu pak o mnoho panství, neboť za statky královské nebo zemské považovaly se i všechny české statky církevní, t. j. statky pražského arcibiskupství, klášterů a kolegiálních kapitul, jež kdysi v zemi zakládali čeští panovníci z knížecího jmění.
Není pochyby, že oba české dokumenty z r. 1609 podávají vzácný důkaz o tom, jak v náboženských zápasech rostl skutečně na české půdě smysl pro obecnou svobodu svědomí a spravedlnost pro všechny i v náboženské otázce. Mezi ustanoveními obou důležitých listin je zvláště pozoruhodná péče českých nekatolických stavů o sedláka, tedy o třídu lidí politicky v té době bezprávných, kteří na př. v sousedním Německu podle vzniklé tam zásady Cujus regio, illius religio musili často ve 20 neb 30 letech několikrát změniti vyznání a jimž i sám Luther přiznával nanejvýše právo pasivního odporu, t. j. vystěhování, byli-li donucováni k víře jiné. V Čechách zákon zakazuje už předem nutiti je jakkoli ke změně víry. Je to snad první příklad v Evropě, kdy se i sedlákovi zaručovala zákonná ochrana proti náboženskému útisku. Právem bylo proto zdůrazněno, že obě české listiny z r. 1609 mohou býti českou pýchou, jsou krásným projevem českého ducha, vydávajíce nejlepší svědectví i o těch vůdčích osobách české strany nekatolické, které obě listiny koncipovaly a pak císaři k stvrzení předkládaly. Tehdejší Čechové byli tak nejen obhájci práv svědomí, jak praví o nich francouzský dějepisec E. Denis, ale spojovali svou věc i se vzdělaností a pokrokem.
Jisto je, že Majestát a Porovnání, jak krátce oba dokumenty jmenujeme, znamenaly plné vítězství nekatolických stavů. Velké většině Čechů se tak dostalo v náboženské otázce pevného základu právního, o který již tak dlouho v Čechách usilovali. Bylo to vysvobození z nejistého a nedůstojného postavení pro velkou většinu národa a byl to zároveň snad nejvýznamnější úspěch, jakého se kdy dostalo evangelické straně v zemích habsburských vůbec. Že také strana katolická v Čechách z největší části uznávala spravedlnost věci nekatolíků, dosvědčuje to, že Majestát i Porovnání vyšly ze společných porad sněmovních obou stran a že druhý dokument podepsali i zástupcové strany katolické. Jen malá skupina ve straně katolické nesouhlasila ani s cís. Rudolfem, když privilegium podepisoval, ani s těmi katolíky, kteří podepsali Porovnání. K této straně horlivých katolíků náležel na př. výše již uvedený nejvyšší český kancléř Zdeněk z Lobkovic, který jako přední úředník království spolupodepisoval důležité státní listiny, a pak pánové Vilém Slavata a Jaroslav z Martinic, oba z dalších nejvyšších úředníků českých, kteří jsou později známi z tragických počátků české revoluce r. 1618. Lobkovic nepodepsal Majestát a oba druzí odepřeli pak své podpisy na Porovnání, takže musili za ně akty podepsati jiní z nejvyšších úředníků katolických. Už to bylo v podstatě špatným úvodem k dalšímu vývoji, který se zhoršil také tím, že i Habsburkové v duchu považovali Majestát za vynucený a že se tudíž necítili plně vázáni list ten dodržovati.
Císař Rudolf sám nemohl oželeti ani svých ztrát v boji s bratrem, a zdá se, že se nedovedl v duchu zcela smířiti ani s postupem českých nekatolíků v letech 1608 — 09. Odtud vycházely jeho pokusy zvrátit ujednání s arciknížetem Matyášem za pomoci arciknížete Leopolda, biskupa v Pasově a Štrasburku, bratra pozdějšího císaře Ferdinanda II. Leopold vpadl roku 1611 do Čech, a poněvadž se takového vpádu nikdo nenadál, ježto Leopoldovo zbrojení bylo prohlašováno za přípravu k boji o dědictví uprázdněných německých knížetství Jülichu a Kleve, pronikl až do Prahy, jíž se také zčásti zmocnil. Jaké byly v podstatě jeho úmysly i úmysly stárnoucího a chorého císaře, není dnes zcela jasné, ale okolnost, že do akce Leopoldovy byli zapleteni katolíci až na Moravě, ukazuje, že plány byly dalekosáhlé. Pohotovostí Čechů a rychlým přivoláním arciknížete Matyáše z Rakous ku pomoci bylo vše zmařeno, arcikníže Leopold byl z Čech vypuzen a císař donucen k abdikaci. Ještě v květnu roku 1611 nastoupil po něm arcikníže Matyáš v Čechách a brzo na to i v Německu, kdežto Rudolf sám zemřel pak záhy na hradě pražském opuštěn a zapomenut jako výstražná obět své pochybené politiky, kterou dělal v druhé polovici své vlády po roku 1600.
Nejvýznamnější pro další český vývoj bylo, že i nový císař Matyáš (1611 — 19), který svou poslední politickou dráhu začínal s protestanty a který na konec i českou korunu dostal jen z vůle té strany, odklonil se brzo zcela od svých protestantských přátel. Matyáš převzal po bratrovi beze změny i všechny jeho katolické rádce a důvěrníky, a poněvadž ani on, stejně jako Rudolf, nevynikal velkou samostatností ve věcech vládních, upadl záhy do závislosti na nich, zejména pak na pletichářském starém svém důvěrníku kardinálu Khleslovi, biskupu vídeňském. Tento církevní hodnostář, který původně vyšel z protestantské rodiny vídeňské, prováděl jako Matyášův důvěrník již před rokem 1608 ostrou protireformační politiku v obojích Rakousích, jejichž správu vedl Matyáš jménem svého staršího bratra a císaře, a již tenkráte ji prováděl tak, že z proslulých náboženských koncesí císaře Maxmiliána z roku 1569 a 1571 nakonec mnoho nezbývalo a že rakouská šlechta byla vůči němu plna rozhořčení. Z té politiky vyšlo také povstání rakouské šlechty roku 1608 ve spolku s Uhry, jehož důsledků se Matyáš uchránil jen tím, že se sám obratně postavil v jeho čelo a šel s protestanty proti Praze a bratrovi. Strana nekatolická byla však zase brzo zatlačena od Matyášova dvora a v Čechách už v prvních letech jeho vlády docházelo ke značným rozporům s národem, a co bylo nejdůležitější, dokonce i ve výkladu samého Rudolfova Majestátu, kterého si Čechové dobyli s takovými obětmi a kterého si tolik vážili. Neshoda nastala zejména ve výkladu poněkud nejasně stylisovaného bodu, který stanovil, že poddaní na statcích královských si mohou rovněž stavěti své kostely.
Za takové statky, jak bylo už pověděno, byly považovány v Čechách i statky české církve, biskupství a klášterů založení zeměpanského, jichž bylo mnoho přes to, že války husitské jich značnou část sekularisovaly. Stavové nekatoličtí, kteří koncipovali obě význačné listiny z r. 1609, považovali to za samozřejmé a proto snad to ani zvláště nevytýkali, leč právě o to se nyní strana katolická opřela. Řím ve smyslu církevního práva dávno potíral tento názor, vyšlý z domácího práva českého, a strana katolická spolu i s císařem se ráda nyní chopila této příležitosti, aby stanovisko Čechů rovněž popřela. Když si proto poddaní dvou klášterních měst, v Broumově na statku tamního benediktinského kláštera, a v Hrobě na statku arcibiskupství pražského, který původně patřil klášteru v Oseku, jali stavěti protestantské kostely, došlo k těžkému sporu obou vrchností a pak i vlády s městy, který se táhl po několik let a v němž evangelická strana měla příležitost s lítostí pocítiti, jak upadá v pochybnost i její vymoženost z doby nedávné a jak sám císař se staví na stranu jim zřejmě nepřátelskou. Roztrpčenost Čechů vzrostla ještě více, když viděli, že císař dal do správy arcibiskupa i všechny kostely na vlastních královských statcích a že se arcibiskup v důsledku toho jal podnikati na nich ostrou protireformaci a po jeho příkladě pak i katolická šlechta na statcích svých, vše to zřejmě proti znění Majestátu. Obavy a neklid v zemi rostly i tím, když se poznávalo, že císař již nemá naděje na potomstvo a že jeho jediným nástupcem se může státi jeho synovec Ferdinand Štyrský, pozdější císař Ferdinand II, který jediný z Habsburků měl potomstvo a byl znám bezohlednou a tvrdou protireformací, kterou provedl ve svých zemích jihorakouských. I na něm bylo zřejmo, že se habsburská rodina čím dál tím více přiklání ke katolické orientaci života a že se přímo ztotožňuje s protireformačními cíli církve římské.
Bylo jisté, že dynastie upadala již od delší doby do tíživé situace. Rakouská její linie vládla zemím, stojícím již z největší části v táboře reformace; v Německu luterství zabralo rozhodnou většinu obyvatelstva do svého tábora, země rakouské, zejména oboje Rakousy samy, země české a uherské, jak jsme viděli, stály také téměř zcela v táboře nábožensky nepřátelském dynastii. Druhá větev rodu, Habsburkové španělští, kteří vládli i ve velké části Italie, v Belgii a v zámoří, vládli královstvím a zemím se starou tradicí katolickou. Větev ta pak se zdála býti na vymření a tak zření k dědictví po ní i všechny další rodinné zájmy — od let byl zrak Habsburků na př. upjat i ke katolickému království polskému — vedly i rakouské Habsburky do tábora katolického. Jako držitelé starého císařství římského měli také úkol chrániti tradici a jednotu víry; jen katoličtí Habsburkové si mohli udržeti císařskou korunu, o niž musil už Karel V. bojovati s katolickou mocí francouzskou. Ta jistota se pak zesilovala víc a víc při rostoucí regeneraci katolického světa i v Němcích. Viděli jsme konečně i na samém císaři Maxmiliánovi, jak všechny naznačené ohledy donutily i tohoto panovníka, který až do své smrti zůstal v srdci věren svému rozhodnutí jíti s revolucí Lutherovou, aby zapřel navenek své nitro a šel po vyšlapaných a tradičních cestách. Rudolf II. i Matyáš náleželi pak do tábora katolického již zcela zřejmě. To ovšem znamenalo, že se stále více stavěli proti velké většině českého národa, že se musili v zásadě stavěti přes jiná okamžitá rozhodnutí proti myšlence náboženské svobody a že si musili přáti, ano přímo usilovati o to, aby jejich země se staly rovněž katolickými. Pokud v nich měl živel nekatolický většinu, nebyla v nich vláda rodu zabezpečena.
Na druhé straně je nepochybné, že již boj českých stavů s Rudolfem II. o náboženskou otázku otřásl v očích národa značně postavením dynastie, budil k ní nedůvěru a snížil podstatně i úctu k ní. S jakou nedůvěrou přijímali Čechové již i císaře Matyáše, ukazují dalekosáhlé podmínky, které mu položili, aby měli záruky, že se neodváží sáhnouti jim na náboženské vymoženosti. Jestliže však Matyáš přesto nastoupil naznačenou cestu, není divu, že se trhaly poslední pásky, které ještě český národ k dynastii poutaly. Byly to původně obavy z moci turecké, které vedly Čechy r. 1526 k volbě Ferdinanda Rakouského na český trůn. Rod Habsburský jako vládce stejně ohrožených zemí rakouských mohl po pádu českého krále Ludvíka v bitvě proti Turkům r. 1526 nejlépe soustřediti všechny síly proti rozpínavosti turecké, neboť bratr Ferdinandův Karel V. byl současně císařem německým. Počátkem století XVII. se však nejevilo turecké nebezpečí již tak hrozivým jako před 100 lety. Na uvolňování poměru mezi Čechy a Habsburky působily pak ještě i jiné mocné vlivy. Mladá generace česká se totiž v druhé polovici vlády císaře Rudolfa II. již zřejmě Habsburkům odcizovala. Nemajíc svých škol doma, byla nucena studovati v cizině, kde přirozeně vyhledávala takové školy, které byly blízké jejímu přesvědčení náboženskému. Zejména kalvínské školy v německé Falci, ve Švýcařích a ve Francii působily na českou mládež v politice protihabsbursky a v náboženství radikálně. Tam zejména příslušníci Jednoty bratrské, jak zdůrazňoval později i známý Vilém Slavata ve svých Pamětech, ssáli do sebe jed kalvínského buřičství a vzpoury, jehož působení se pak projevovalo v celém českém veřejném životě. Česká šlechta byla také na rozdíl na př. od šlechty sousedních německých knížetství bohatá, požívala velkých politických práv a byla tudíž sebevědomá; tím vším věci po nových a nových zkušenostech s dynastií zrály znenáhla k rozhodnutí.
Čechové, když se zklamali i v císaři Matyáši, snažili se zabrániti aspoň tomu, aby snad ještě za jeho života byl ustanoven za jeho nástupce Ferdinand Štyrský. Prohlašujíce své království za volební, těšili se, že po vymření přímé linie habsburské na českém trůně císařem Matyášem budou moci svobodně a podle své vůle rozhodnouti o otázce, kdo bude českým králem. Političtí zahraniční zpravodajové posílali z Prahy o této náladě v Čechách zajímavé zprávy a skutečně v několika málo letech po korunování Matyášově za českého krále se obrátil všechen zákulisní politický boj k této otázce, ježto strana katolická nechtěla ztratiti žádnou vhodnou chvíli. Nekatoličtí Čechové však tento boj prohráli. Obratnému jednání dvora, hrozbám, nátlaku a získávání protivníků se podařilo r. 1617 dosíci toho, že Ferdinand Štyrský byl zvolen za českého krále a také hned na něho korunován přes to, že Matyáš dal svého času Čechům závazné prohlášení, že se za jeho života nebude jednati v Čechách o nástupnictví po něm. Nově zvolený král nedovedl pak potlačiti v sobě nechuť k české oposici, a poněvadž byl i jinak znám jako nejoddanější ctitel jesuitů a jejich vliv na něho byl veliký, viděli rozhodní Čechové, jak nepříznivé perspektivy se rýsují na politickém nebi do budoucna. Vidělo se, že svoboda víry a svědomí jsou ohroženy nejvyšší měrou jako nikdy před tím, že všechno úsilí o náboženskou svobodu, Majestát a všechny pokusy o politické svázání moci panovnické, jak se o to pokusili u Matyáše, neznamenají nic, a že má-li býti svoboda svědomí, o kterou bojovali v Čechách již 200 let, zachráněna, bude ji nutno chrániti jen zbraní, novým povstáním a vojenským zničením moci habsburské.
Zmíněný spor nekatolických měšťanů v Hrobech a v Broumově, který se táhl po léta nerozhodnut a který po volbě Ferdinandově za českého krále byl rázem rozhodnut v neprospěch měst, dal k tomu první popud. Stavové čeští byli zcela v právu, když se ujímali energicky svých souvěrců, ale odpovědi vlády byly již přímo hrozivé. Bylo zřejmo, že vláda sama nyní hodlá český odpor a české kacířství zlomiti mocí. Vůdcové oposice zároveň poznávali, že jde již i o jejich osobní svobodu a z toho došlo ke známému výbuchu povstání r. 1618, které začínalo pověstným vyhozením dvou hlavních sloupů tohoto vládního systému, Viléma Slavaty a Jaroslava z Martinic, z oken hradu pražského a zahájením války o náboženství, která se pak protáhla na plných 30 let.
Otázka česká překračovala od počátku hranice českého království. To se všude cítilo a také přistoupení Rakušanů a Uhrů k odboji, jež později následovalo, ukazovalo to jasně, stejně jako hnutí, jež tím bylo vyvoláno v celém Německu. Šlo také nejen o českou svobodu víry a svědomí, nýbrž šlo, jak věci stály, od počátku i o samu existenci habsburské dynastie a o osud katolické církve v celé střední Evropě, zejména když Čechové po roce boje si zvolili za krále kalvínského knížete Fridricha Falckého, zetě anglického krále Jakuba I., a když v Uhrách r. 1620 zavrhli Ferdinanda, zvolivše si za krále sedmihradského kalvínského vévodu Betlena Gabora. Vítězství Čechů by bylo tak skutečně znamenalo pád habsburské dynastie i v Německu a tím konec jejího velmocenského postavení v Evropě a úplnou vnitřní přestavbu střední Evropy. Je přirozeno, že se proto i všechen katolický svět sešikoval kol Habsburků na obranu svých ohrožených posic, ale bylo tragické, že svět protestantský nestál v té době v Evropě na výši situace. Neúčast Anglie a severních protestantských knížetství a království na boji a zrady v samém nekatolickém táboře německém umožnily Habsburkům po dvouletém zápase zdolat Čechy a tím zničit myšlenku protestantského vítězství a myšlenku svobody ducha, pro kterou jedině Čechové sáhli ke zbrani. Bílá hora, porážka Čechů u Prahy dne 8. listopadu 1620, značí v duševním vývoji evropského lidstva mocný mezník, pro Čechy pak speciálně nejen zničení politické svobody, ale i ožebračení hospodářské velkými konfiskacemi na majetku, vypovídání pro náboženství a násilné převedení království do tábora katolického, které teprve mohlo Habsburkům držení království pojistiti trvale.
Ve všech svých těžkých sporech s dynastií, v nichž svoboda víry byla čím dále tím více ohrožována, byli čeští stavové přirozeně vedeni k tomu, aby hleděli moc panovnickou co nejvíce zeslabiti. Jen takovou cestou si mohli pojistiti větší míru náboženské svobody. Vskutku tyto snahy můžeme sledovati v Čechách už od volby Ferdinanda I. za českého krále. Spor stavů s ním o otázku, zda byl zvolen nebo přijat za krále českého na základě dědických práv své manželky, který se táhl takořka po celou Ferdinandovu vládu, ukazoval však, že prvním Habsburkem Čechové získávali panovníka, který se svou povahou daleko více chýlil k tomu, aby stavům práv spise ubíral nežli přidával. Habsburkové měli tehdy své těžiště ve Španělsku a tamní absolutistické tendence vládní působily i na výchovu Habsburků rakouských, pokud tam v mládí žili. Když proto konflikty mezi dynastií a národem i pro náboženství se zostřovaly, hleděli čeští stavové zejména od počátku století XVII. posíliti své postavení proti dynastii i spolky se souvěrci v zahraničí, především se sousedy rakouskými a uherskými, t. zv. stavovskými konfederacemi k hájení společných zájmů. První taková stavovská konfederace byla uzavřena r. 1606 mezi Uhry, Čechy a zeměmi rakouskými na obranu míru vídeňského, který nekatolíkům uherským přiznával rozsáhlou svobodu náboženskou. Když pak roku 1608 vznikl odboj Uher, Moravy a Rakous proti Rudolfovi, uzavřely tyto země zase konfederaci mezi sebou, v níž si zaručovaly vzájemnou podporu na obranu náboženské svobody i proti samému arciknížeti Matyášovi, třeba se on sám postavil v čelo hnutí. Podobnou konfederaci uzavřeli Čechové se Slezany r. 1609, když vymáhali na císaři Rudolfovi Majestát, a ovšem konečně i v českém povstání došlo k podobné konfederaci mezi všemi zeměmi české koruny a pak mezi těmito zeměmi rakouskými a Uhrami.
Je zřejmo, že všechny tyto konfederace které byly spíše výtvorem revolucí a jež panovníci v mírových dobách neradi viděli a proto byli proti jejich stvrzení, usilovaly jen o to, aby se národům a zemím dostalo spravedlnosti. Podobné myšlenky sledovaly i soudobé české snahy o generální sněmy zemí českých a o společné sněmy koruny české se zeměmi rakouskými a Uhrami, s nimiž měli Čechové přirozené společné zájmy zejména ve věci náboženství. Také těmto snahám Habsburkové nepřáli jako všemu podobnému úsilí, které nutně musilo míti v zápětí posílení stavovského elementu, čili posílení myšlenky větší účasti kruhů národních a lidových ve vládě. Dnes se stanoviska lidského pokroku musíme v podstatě hleděti se sympatiemi i na toto stavovské úsilí, na myšlenku, že stavové, národ jsou vlastními nositeli státu a že král má býti v životě státním jen čistě faktorem representativním. Čechové také, když přijímali za svého pána Fridricha Falckého, dali tomuto nazírání na státní život výraz i v nové ústavě, kterou připravovali do budoucna a k níž zavazovali i svého krále. Všechny tyto myšlenky a všechno staleté úsilí o svobodu duševní a o nové pojímání myšlenky státní zničila však česká porážka r. 1620 na dlouhé doby. Teprve nová doba přivedla je k vítězství obecnému. Zůstává však ke cti českého jména, že právě Čechové, kteří nepatřili v Evropě k národům největším, už v tak dávných dobách přinesli myšlence pokroku a svobody tolik úsilí a práce a že ve chvíli nejvyššího jejího ohrožení neváhali za ni obětovat ani svou krev.